（十三）删去第二十条第一款。
（十四）将第二十五条修改为：“集装箱牵引车承运的集装箱应当符合海关总署规定的标准要求。”
（十五）将第二十六条修改为：“因特殊原因，车辆在境内运输海关监管货物途中需要更换的，货运企业应当立即报告附近海关，在海关监管下更换。附近海关应当及时将更换情况通知货物进境地和指运地海关或者启运地和出境地海关。”
（十六）增加一条，作为第三十条：“本办法所规定的文书由海关总署另行制定并且发布。”
（十七）对条文顺序作相应调整。
（十八）删去附件。
十三、对《中华人民共和国海关进出口货物征税管理办法》（海关总署令第124号公布，根据海关总署令第198号、第218号、第235号修改）作如下修改：
（一）将第二十九条第一款修改为：“纳税义务人申报进口无代价抵偿货物，应当提交买卖双方签订的索赔协议。”
删去第二款。
（二）将第三十条第一款修改为：“纳税义务人申报出口无代价抵偿货物，应当提交买卖双方签订的索赔协议。”
删去第二款。
（三）将第四十五条第二款修改为：“进境修理货物需要进口原材料、零部件的，纳税义务人在办理原材料、零部件进口申报手续时，应当向海关提供进口税款担保或者由海关按照保税货物实施管理。进口原材料、零部件只限用于进境修理货物的修理，修理剩余的原材料、零部件应当随进境修理货物一同复运出境。”
（四）将第四十六条第一款修改为：“进境修理货物及剩余进境原材料、零部件复运出境的，海关应当办理修理货物及原材料、零部件进境时纳税义务人提供的税款担保的退还手续；海关按照保税货物实施管理的，按照有关保税货物的管理规定办理。”
（五）将第四十九条第一款修改为：“纳税义务人在办理出境修理货物复运进境的进口申报手续时，应当向海关提交该货物的维修发票等相关单证。”
（六）将第五十二条第一款修改为：“纳税义务人在办理出境加工货物复运进境的进口申报手续时，应当向海关提交该货物的加工发票等相关单证。”
（七）删去第五十八条第二款第（二）项中的“原税款缴款书和”。
（八）删去第五十九条第二款第（二）项、第（三）项。
（九）删去第六十条第二款第（二）项、第（三）项。
（十）将第六十一条修改为：“已缴纳出口关税的货物，因故未装运出口申报退关的，纳税义务人自缴纳税款之日起1年内，可以向海关申请退税，并提交《退税申请书》。”
（十一）删去第六十二条第二款第（二）项。
（十二）删去第六十三条第二款第（二）项。
十四、对《中华人民共和国海关出口加工区货物出区深加工结转管理办法》（海关总署令第126号公布）作如下修改：
（一）删去第六条第一款中的“凭出口加工区管委会的批复”。
将第二款修改为：“对转入其他出口加工区、保税区等海关特殊监管区域的，和转入出口加工区、保税区等海关特殊监管区域外加工贸易企业的，转入企业按照前款规定办理结转手续。”
（二）删去第十条第一款中的“见附件1”。
将第二款中的“多本《加工贸易手册》”修改为“多份《加工贸易手册》”。
（三）删去第十二条中的“一式三联的”“见附件2”。
（四）增加一条，作为第十九条：“本办法所规定的文书由海关总署另行制定并且发布。”
（五）对条文顺序作相应调整。
（六）删去附件。
十五、对《中华人民共和国海关征收进口货物滞报金办法》（海关总署令第128号公布，根据海关总署令第218号修改）作如下修改：
（一）将第六条中的“未在规定期限或者核准的期限内递交纸质报关单及随附单证”修改为“未按照海关总署规定递交报关单及随附单证”。
（二）将第十八条修改为：“本办法所规定的文书由海关总署另行制定并且发布。”
（三）删去附件。
十六、对《中华人民共和国海关对保税物流中心（A型）的暂行管理办法》（海关总署令第129号公布，根据海关总署令第227号、第235号修改）作如下修改：