（一）将第十二条中的“应当持《检疫许可证》、贸易合同或协议、信用证、发票等有效单证，在动物遗传物质进境前向进境口岸海关报检”修改为“应当在动物遗传物质进境前，凭贸易合同或者协议、发票等有效单证向进境口岸海关报检”。
（二）将第十五条修改为：“经进境口岸海关现场检疫合格的，调往《检疫许可证》指定的地点实施检疫。”
（三）删去第十六条中的“并提供本办法第十二条规定的单证复印件和进境口岸海关签发的《入境货物通关单》”。
（四）删去第二十条第（四）项。
（五）将第二十二条中的“使用单位应当填写《进境动物遗传物质检疫监管档案》”修改为“使用单位应当建立进境动物遗传物质使用的管理制度，填写《进境动物遗传物质检疫监管档案》”。
五十五、对《沙头角边境特别管理区进出物品检验检疫管理规定》（国家质量监督检验检疫总局令第55号公布，根据海关总署令第238号修改）作如下修改：
（一）将第一条中的“中华人民共和国食品卫生法”修改为“中华人民共和国食品安全法”。
（二）将第九条修改为：“进出管理区的货物属于实行检疫许可制度或者卫生注册登记制度管理的，应当取得检疫许可证明或者卫生注册登记证明。”
五十六、对《出境货物木质包装检疫处理管理办法》（国家质量监督检验检疫总局令第69号公布，根据海关总署令第238号修改）作如下修改：
（一）删去第四条中的“本办法”。
增加一款，作为第一款：“对木质包装实施除害处理并加施标识的企业（以下简称标识加施企业）应当建立木质包装生产防疫制度和质量控制体系。”
（二）将第五条中的“对木质包装实施除害处理并加施标识的企业（以下简称标识加施企业）”修改为“标识加施企业”，删去第（二）项、第（五）项、第（六）项。
五十七、对《保税区检验检疫监督管理办法》（国家质量监督检验检疫总局令第71号公布，根据海关总署令第238号修改）作如下修改：
（一）将第一条中的“中华人民共和国食品卫生法”修改为“中华人民共和国食品安全法”。
（二）将第十六条中的“应当向保税区海关提交产地海关签发的检验检疫合格证明”修改为“已取得产地海关签发的检验检疫合格证明的”。
（三）将第十八条中的“转口动物应同时提供海关总署签发的《动物过境许可证》和输入国家或地区政府部门签发的允许进境的证明”修改为“转口动物的，还应当取得海关总署签发的《动物过境许可证》，并在入境报检时提供输入国家或者地区政府部门签发的允许进境的证明”。
五十八、对《进出口商品复验办法》（国家质量监督检验检疫总局令第77号公布，根据海关总署令第238号修改）作如下修改：
将第八条修改为：“报检人申请复验，应当按照规定如实填写复验申请表。”
五十九、对《国境口岸食品卫生监督管理规定》（国家质量监督检验检疫总局令第88号公布，根据国家质量监督检验检疫总局令第174号、海关总署令第238号修改）作如下修改：
（一）删去第九条第（二）项、第（三）项、第（八）项。
（二）删去第十条第三款中的“（现场考核时间除外，现场考核时间最长不超过1个月）”。
（三）将第十三条修改为：“取得《卫生许可证》的食品生产经营单位在向异地食品生产经营单位提供食品及食品用产品时，可到该地的海关备案。”
六十、对《出境水果检验检疫监督管理办法》（国家质量监督检验检疫总局令第91号公布，根据海关总署令第238号修改）作如下修改：
（一）将第一条、第二十九条中的“中华人民共和国食品卫生法”修改为“中华人民共和国食品安全法”。
（二）删去第七条中的“（一式两份）”，将第（二）项修改为“果园示意图、平面图”，删去第（三）项，将第（四）项修改为“植保专业技术人员的资格证明或者相应技术学历证书复印件”。
（三）删去第八条中的“（一式两份）”、第（二）项、第（五）项。