至于两江 总督则以清望素著的四川总督丁宝桢调补，遗缺由李鸿章的胞兄李瀚章接任。
这是李鸿章的一把如意算盘，原来清朝的制度，封疆大吏划疆而治；总督往往亦仅管得一省，不比明朝的总督、巡抚有是流动性的。这种制度之形成，当然有许多原因，其中之一是，皇帝认为各有专责，易于考查，也就是易于驾驭。因此，尽管常有“不分畛域”的上谕，实际上限制甚严，不准有越权的行为。及至洪杨乱起，这个相沿两百年而不替的传统被打破了。
清朝在道光以前，凡有大征伐，调兵遣将，权皆操之于皇帝；军饷亦由国库拨发，统帅功成还朝，缴还兵权，受赏而回本职，并无私有的军队。但自曾国藩创立湘军，而军饷又须带兵将帅，就地自筹以后，整个情况大变；变成官不符职守非其地、财难己用、兵为私有。曾国荃进围金陵时，他的官衔是浙江 按察使，一省司法长官，带兵打仗，岂非“官不符职”？而打仗又非为浙江 划守土之责，这就是“守非其地”。
“财难己用”就更微妙了，本秦人视越，肥瘠漠不相关，但在左宗棠西征时，却非希望浙江 丰收不可，因为浙江 按月要交 西征协饷十四万银子，而本省修理海塘，反须另筹财源。至于“兵为私有”，则以湘、淮两军原为子弟兵，父子兄弟叔侄，递相率领，成为规例；淮军的这个传统，更是牢不可破。
因为打破了疆域与职守的限制，李鸿章才能运用手腕，伸张其势力于两江 ——南洋。直督兼北洋大臣；江 督兼南洋大臣，李鸿章一直强调，无论筹办防务或者与外洋通商，南北洋必须联络一致，不分彼此。话是如此，却只有北洋侵南洋之权，南洋的势力达不到北洋，因为北洋近在畿辅，得地利之便，可直接与各国驻华公使联络交 涉，这样，有关南洋的通商事务，自然而然地由北洋代办 了。同时“总理务国事务衙门”，为了在交 涉上留有缓冲的余地，往往先委托北洋从事初步谈判，保留着最后的裁决权，这一来使得李鸿章更易于扩张势力。
如此这般，李鸿章就不能关心两江 总督的人选了。最好是能听他指挥，其次也要能合作。象刘坤一这样，李鸿章就觉得有许多不便，因而希望丁宝桢接任江 督。丁宝桢是他会试的同年，李鸿章一直很拉拢他；丁宝桢每次奉召述职时，京中上自王邸军机，下至同乡京官都要打点，无不是由李鸿章预备了整箱的现银，这样的交 情，他相信丁宝桢调任江 督，一定能跟他合作无间。至于李瀚章，除了贪黩之外，别无他能；而四川经丁宝桢整顿以后，是个可以卧治的省分，李鸿章是想为他老兄找个奉母养老的好地方。
这把算盘打得极精，哪知真如俗语所说的“人有千算，天有一算”，彭玉麟的复奏到京，大出李鸿章的意外，竟是痛劾李鸿章的至亲赵继元。
赵继元是安徽太湖人，他的祖父叫赵文楷，嘉庆元年的状元。赵继元本人也是个翰林，但肚子里一团 茅草，“散馆”时考列三等，分到部里当司官。做官要凭本事、讲资格，赵继元倒有自知之明，自顾当司官既不能“掌印”；而两榜出身虽可派为考官，却又须先经考试，这一关又是过不去的；不如当外官为妙。
于是他加捐了一道员，走门路分发两江 。江 督正是李鸿章的老师曾国藩；爱屋及乌，所以赵继元一到江 宁“禀到”，立即“挂牌”派人他军需总局总办的肥差。
从此赵继元便把持着两江 军需总局，历任总督都看李鸿章的面子，隐忍不言。这一次到底由彭玉麟无情地揭发了他的劣迹，复奏中说：“两江 军需总局，原系总督札委局员，会同司道主持。自赵继元入局，恃以庶常散馆，捐升道员出身，又系李鸿章之妻兄，卖弄聪明，妄以知兵自许，由是局员营员派往修筑炮台者，皆惟赵继元之言是听。赵继元轻前两江 总督李宗羲为不知兵，忠厚和平，事多蔑视，甚至督臣有要务札饬总局，赵继元竟敢违抗不遵，直行己意。李宗羲旋以病告去，赵继元更大权独揽，目空一切。炮台坍塌，守台官屡请查看修补，皆为赵继元蒙蔽不行。”
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