（一）将第三条、第五条至第九条、第十七条、第二十八条中的“国家出入境检验检疫局（以下简称国家检验检疫局）”“国家检验检疫局”修改为“海关总署”，“国家检验检疫局设在各地的出入境检验检疫机构（以下简称检验检疫机构）”修改为“主管海关”，“直属检验检疫机构”修改为“直属海关”。
（二）将第十条、第十四条至第十六条、第十八条至第二十六条中的“直属检验检疫机构”修改为“直属海关”，“检验检疫机构”修改为“海关”。
（三）将第十二条中的“国家检验检疫局的规定”修改为“相关规定”。
（四）删去第十六条中的“国家检验检疫局制定的”。
十三、对《进境植物繁殖材料隔离检疫圃管理办法》（国家出入境检验检疫局令第11号公布）作如下修改：
（一）将第二条、第六条第（一）项和第（二）项、第十五条中的“国家出入境检验检疫局（以下简称国家检验检疫局）”“国家检验检疫局”修改为“海关总署”，“国家检验检疫局直属的出入境检验检疫局（以下简称直属检验检疫机构）”“直属检验检疫机构”修改为“直属海关”。
（二）将第三条、第六条第（三）项、第七条、第九条、第十条、第十二条中的“出入境检验检疫机构（以下简称检验检疫机构）”“检验检疫机构”修改为“海关”。
（三）删去第四条第二款。
十四、对《进境栽培介质检疫管理办法》（国家出入境检验检疫局令第13号公布，根据国家质量监督检验检疫总局令第196号修改）作如下修改：
（一）将第三条、第六条、第七条、第九条、第十二条至第十四条、第十七条中的“国家出入境检验检疫局（以下简称国家检验检疫局）”“国家检验检疫局”修改为“海关总署”，“国家检验检疫局设在各地的出入境检验检疫机构（以下简称检验检疫机构）”“检验检疫机构”修改为“主管海关”。
（二）将第六条中的“《中华人民共和国国家出入境检验检疫局进境动植物检疫许可证申请表》”修改为“海关进境动植物检疫许可证申请表”。
（三）将第七条中的“《中华人民共和国国家出入境检验检疫局进境动植物检疫许可证》”修改为“海关进境动植物检疫许可证”。
（四）将第八条、第十五条中的“检验检疫机构”修改为“海关”。
十五、对《出入境检验检疫报检规定》（国家出入境检验检疫局令第16号公布，根据国家质量监督检验检疫总局令第196号修改）作如下修改：
（一）将第一条中的“《中华人民共和国食品卫生法》”修改为“《中华人民共和国食品安全法》”。
（二）将第三条第（一）项修改为“国家法律法规规定须经检验检疫的”，第（二）项修改为“输入国家或地区规定必须凭检验检疫证书方准入境的”。
（三）将第五条、第六条、第七条、第十条、第十二条、第十七条、第十八条、第二十三条、第二十六条中的“检验检疫机构”修改为“海关”。
（四）将第十条第（三）项中的“检验检疫机构”修改为“主管海关”，第（九）项、第（十二）项中的“国家检验检疫局”修改为“海关总署”。
（五）将第二十八条中的“国家出入境检验检疫局”修改为“海关总署”。
十六、对《进出境集装箱检验检疫管理办法》（国家出入境检验检疫局令第17号公布）作如下修改：
（一）将第一条中的“《中华人民共和国食品卫生法》”修改为“《中华人民共和国食品安全法》”。
（二）将第三条、第二十条、第二十六条中的“国家出入境检验检疫局（以下简称国家检验检疫局）”“国家检验检疫局”修改为“海关总署”，“国家检验检疫局设在各地的出入境检验检疫机构（以下简称检验检疫机构）”修改为“主管海关”。
（三）将第四条、第五条、第七条、第九条至第十一条、第十三条、第十五条至第十七条、第二十一条、第二十二条、第二十四条中的“检验检疫机构”修改为“海关”。