（三）将第六条修改为“海关按照简便、有效的原则对进出保税区的应检物实施检验检疫。”
（四）将第七条修改为“从境外进入保税区的应检物，属于卫生检疫范围的，由海关实施卫生检疫；应当实施卫生处理的，在海关的监督下，依法进行卫生处理。”
（五）将第八条、第十二条、第十四条、第十九条、第二十二条、第二十三条、第二十六条、第二十八条、第三十二条中的“检验检疫机构”修改为“海关”。
（六）将第九条修改为“海关对从境外进入保税区的可以用作原料的固体废物、旧机电产品、成套设备实施检验和监管，对在保税区内存放的货物不实施检验。”
（七）删去第十一条、第十七条、第二十四条。
（八）将第十八条修改为“从非保税区进入保税区后不经加工直接出境的，应当向保税区海关提交产地海关签发的检验检疫合格证明，保税区海关不再实施检验检疫。超过检验检疫有效期、变更输入国家或地区并又有不同检验检疫要求、改换包装或重新拼装、已撤销报检的，应当按规定重新报检。”
（九）删去第二十条中的“转口转基因产品应同时提供国家质检总局签发的《转基因产品过境转移许可证》”。
（十）对条文顺序作相应调整。
四十一、对《进出口商品复验办法》（国家质量监督检验检疫总局令第77号公布）作如下修改：
（一）将第二条、第六条、第八条、第十三条、第十九条中的“出入境检验检疫机构（以下简称检验检疫机构）”“检验检疫机构”修改为“海关”。
（二）将第三条修改为“海关总署统一管理全国的进出口商品的复验工作，进出口商品复验工作由受理的海关负责组织实施。”
（三）将第五条第一款修改为“报检人对主管海关作出的检验结果有异议的，可以向作出检验结果的主管海关或者其上一级海关申请复验，也可以向海关总署申请复验”，第二款修改为“报检人对同一检验结果只能向同一海关申请一次复验”。
（四）删去第八条中的“（见附件）”。
（五）将第九条、第十一条、第十二条中的“检验检疫机构或者国家质检总局”修改为“海关”。
（六）将第十条第二款修改为“复验结论认定属原检验的海关责任的，复验费用由原海关负担”。
（七）将第十五条中的“检验检疫机构或者国家质检总局”修改为“海关”，“经本机构负责人批准”修改为“经本机关负责人批准”。
（八）删去第十七条中的“国家质检总局”。
（九）将第十八条中的“国家质检总局和检验检疫机构”修改为“海关”。
（十）将第二十条中的“国家质检总局”修改为“海关总署”。
（十一）增加一条，作为第二十条“本办法所规定的文书由海关总署另行制定并且发布。”
（十二）对条文顺序作相应调整。
（十三）删去附件。
四十二、对《进境货物木质包装检疫监督管理办法》（国家质量监督检验检疫总局令第84号公布）作如下修改：
（一）将第三条、第七条、第十二条、第十四条、第十五条、第十九条、第二十一条中的“国家质量监督检验检疫总局（以下简称国家质检总局）”“国家质检总局”修改为“海关总署”，“国家质检总局设在各地的出入境检验检疫机构（以下简称检验检疫机构）”“检验检疫机构”修改为“主管海关”。
（二）将第四条中的“国家质检总局公布的检疫除害处理方法和标识要求”修改为“相关规定”。
（三）将第五条、第六条、第九条、第十条、第十七条、第十八条中的“检验检疫机构”修改为“海关”。
（四）将第十一条修改为“海关应当加强与港务、运输、货物代理等部门的信息沟通，通过联网、电子监管及审核货物载货清单等方式获得货物及包装信息，根据情况作出是否抽查的决定。”
（五）将第九条、第二十条中的“检验检疫人员”修改为“海关人员”。