四十三、对《国境口岸食品卫生监督管理规定》（国家质量监督检验检疫总局令第88号公布，根据国家质量监督检验检疫总局令第174号修改）作如下修改：
（一）将第三条、第五条、第十条、第二十七条、第三十二条中的“国家质量监督检验检疫总局（以下简称国家质检总局）”“国家质检总局”修改为“海关总署”，“国家质检总局设在各地的出入境检验检疫机构（以下简称检验检疫机构）”“检验检疫机构”修改为“主管海关”。
（二）将第四条、第六条、第七条、第九条、第十一条至第十三条、第十五条、第十七条至第二十一条、第二十三条至第二十六条、第二十八条至第三十一条中的“检验检疫机构”修改为“海关”。
（三）删除第五条中的“国家质检总局指定的”。
四十四、对《进出口煤炭检验管理办法》（国家质量监督检验检疫总局令第90号公布）作如下修改：
（一）将第三条、第六条、第八条、第三十四条、第四十条中的“国家质量监督检验检疫总局（以下简称国家质检总局）”“国家质检总局”修改为“海关总署”，“国家质检总局设在各地的出入境检验检疫机构（以下简称检验检疫机构）”“检验检疫机构”修改为“主管海关”。
（二）将第四条修改为“海关对进口煤炭实施口岸检验监管的方式。”
（三）将第五条、第七条、第三十条、第三十五条、第三十六条中的“检验检疫机构”修改为“海关”。
（四）删去第九条至第二十九条、第三十二条、第三十三条、第三十八条、第三十九条。
（五）将第三十一条中的“国家质检总局、检验检疫机构”修改为“海关”。
（六）将第三十六条、第三十七条中的“检验检疫工作人员”修改为“海关工作人员”。
（七）对条文顺序作相应调整。
四十五、对《出境水果检验检疫监督管理办法》（国家质量监督检验检疫总局令第91号公布）作如下修改：
（一）将第三条、第十条、第十四条、第三十二条中的“国家质量监督检验检疫总局（以下简称国家质检总局）”“国家质检总局”修改为“海关总署”，“国家质检总局设在各地的出入境检验检疫机构（以下简称检验检疫机构）”修改为“主管海关”。
（二）将第四条、第七条至第十三条、第十五条、第十七条至第二十七条、第二十九条、第三十条中的“检验检疫机构”修改为“海关”。
（三）将第十条中的“分支检验检疫机构”修改为“隶属海关”，“直属出入境检验检疫局（以下简称直属检验检疫局）”“直属检验检疫局”修改为“直属海关”。
（四）删去第二十七条中的“出境货物通关单或者”。
（五）将第三十一条中的“检验检疫人员”修改为“海关人员”。
四十六、对《口岸艾滋病预防控制管理办法》（国家质量监督检验检疫总局令第96号公布，国家质量监督检验检疫总局令第139号修改）作如下修改：
（一）将第三条、第十一条、第十二条、第二十条、第二十六条中的“国家质量监督检验检疫总局（以下简称国家质检总局）”“国家质检总局”修改为“海关总署”。
（二）将第四条、第十一条中的“国家质检总局设在各地的出入境检验检疫机构（以下简称检验检疫机构）”“检验检疫机构”修改为“主管海关”。
（三）将第五条至第十条、第十二条至第二十一条、第二十三条至第二十五条中的“检验检疫机构”修改为“海关”。
（四）将第十一条第二款中的“检验检疫机构按照国务院卫生行政主管部门和国家质检总局制定的艾滋病监测工作规范，开展艾滋病的监测工作”修改为“直属海关按照艾滋病监测工作规范开展艾滋病的监测工作”
四十七、对《进口商品残损检验鉴定管理办法》（国家质量监督检验检疫总局令第97号公布）作如下修改：
（一）将第一条、第四条第二款、第五条、第七条至第九条、第十一条至第十三条、第十六条至第二十条、第二十五条、第二十七条中的“检验检疫机构”修改为“海关”。