（七）将第十七条、第十八条、第二十一条、第二十二条、第二十七条至第三十四条中的“检验检疫机构”修改为“海关”。
（八）将第十九条中的“国家质检总局”修改为“海关总署”，“直属检验检疫局”修改为“直属海关”，“分支机构”修改为“隶属海关”，“本局辖区”修改为“本关区”。
（九）将第二十五条中的“出入境检验检疫人员”修改为“海关工作人员”。
三十七、对《进出境转基因产品检验检疫管理办法》（国家质量监督检验检疫总局令第62号公布，根据国家质量监督检验检疫总局令第196号修改）作如下修改：
（一）将第四条至第六条、第十五条、第十八条中的“国家质量监督检验检疫总局（以下简称国家质检总局）”“国家质检总局”修改为“海关总署”，“国家质检总局设在各地的出入境检验检疫机构（以下简称检验检疫机构）”修改为“主管海关”。
（二）将第八条至第十四条中的“检验检疫机构”修改为“海关”。
三十八、对《进境水果检验检疫监督管理办法》（国家质量监督检验检疫总局令第68号公布）作如下修改：
（一）将第三条、第五条、第八条、第十三条至第十五条、第十七条、第十八条中的“国家质量监督检验检疫总局（以下简称国家质检总局）”“国家质检总局”修改为“海关总署”，“国家质检总局设在各地的出入境检验检疫机构（以下简称检验检疫机构）”修改为“主管海关”。
（二）将第六条、第八条、第十条至第十二条、第十四条、第十六条至十八条中的“检验检疫机构”修改为“海关”。
（三）将第十五条中的“检验检疫人员”修改为“海关工作人员”。
三十九、对《出境货物木质包装检疫处理管理办法》（国家质量监督检验检疫总局令第69号公布）作如下修改：
（一）将第三条、第六条、第十七条中的“国家质量监督检验检疫总局（以下简称国家质检总局）”“国家质检总局”修改为“海关总署”，“直属检验检疫局”修改为“直属海关”，“国家质检总局设在各地的出入境检验检疫机构（以下简称检验检疫机构）”修改为“主管海关”。
（二）将第四条修改为“出境货物木质包装应当按照本办法《出境货物木质包装除害处理方法》列明的检疫除害处理方法实施处理，并按照《出境货物木质包装除害处理标识要求》的要求加施专用标识。”
（三）将第五条至第十四条中的“检验检疫机构”修改为“海关”。
（四）将第六条修改为“直属海关对标识加施企业的热处理或者熏蒸处理设施、人员及相关质量管理体系等进行考核，符合《出境货物木质包装除害处理标识加施企业考核要求》的颁发除害处理标识加施资格证书，并公布标识加施企业名单，同时报海关总署备案，标识加施资格有效期为三年；不符合要求的，不予颁发资格证书，并连同不予颁发的理由一并书面告知申请企业。未取得资格证书的，不得擅自加施除害处理标识。”
（五）删去第九条中的“（见附件7、附件8）”、第十一条中的“（附件9）”。
（六）增加一条，作为第十七条“本办法所规定的文书由海关总署另行制定并且发布。”
（七）对条文顺序作相应调整。
（八）删去附件。
四十、对《保税区检验检疫监督管理办法》（国家质量监督检验检疫总局令第71号公布）作如下修改：
（一）将第三条、第二十条、第三十三条中的“国家质量监督检验检疫总局（以下简称国家质检总局）”“国家质检总局”修改为“海关总署”，“国家质检总局设在保税区的出入境检验检疫机构（以下简称检验检疫机构）”修改为“主管海关”。
（二）将第五条修改为“应检物进出保税区时，收发货人（货主）或者其代理人应当按照有关规定向主管海关办理报检手续，主管海关按照国家有关法律、法规、规章以及相关规定实施检验检疫。”