五、重新界定各部门工作职责
目前，征管、税政、税源管理部门都组织实施纳税评估，各自为战，多头评估，重复进户，既增加了纳税人的负担，又没有形成工作合力。针对此现象，我们一是明确纳税评估任务的下达由征管部门归口管理；二是明确征管部门负责组织或直接实施对涉及重点行业、重点税源、跨区域纳税人、专业性强和重大涉税事项的纳税评估工作；三是明确大企业管理部门负责所联系企业的纳税评估工作。在第二十七条规定：税务机关各业务部门要加强配合，建立纳税评估工作的长效机制。征管部门负责纳税评估工作的组织协调，制定纳税评估工作相关制度，组织指导纳税评估工作的开展；负责纳税评估的风险识别工作，统筹下达评估任务；负责组织或直接实施对涉及重点行业、重点税源、跨区域纳税人、专业性强和重大涉税事项的纳税评估工作。收入规划核算部门负责对税收完成情况、税收与经济的对应规律、总体税源和税负的增减变化等情况进行定期宏观分析，为纳税评估工作提供依据和指导。税收政策管理部门负责行业税负监控，研究纳税评估的具体方法，为纳税评估工作提供依据和指导。大企业管理部门负责所联系企业的纳税评估工作。
六、调整纳税评估的期限
纳税评估作为税收管理的一个程序，必须明确其行为期限，超出期限所做的纳税评估无效，既保障纳税人权益，又在客观上对税务机关提高工作效率起到督促作用。国外对纳税评估期限的规定不尽相同，在美国，一般情况下为3年；对涉税金额较大或比例超过25%的可以延长至6年；税收违法行为的，可以在任意期限开展评定。在德国，核定期限按税种分为：1年、4年，出现逃税时核定期限为10年，出现过失偷漏税时核定期限为5年。参照国外做法，结合我国现行征管法关于税款追缴的规定，在第六条规定：开展纳税评估工作，一般应在纳税申报期满之日起三年内进行；涉及少缴税款金额在十万元以上的，可以延长至五年内进行。纳税人未按期履行纳税申报义务的，税务机关也可以按本办法的规定实施纳税评估。
七、规范纳税评估的程序
参照国际做法，作为税源管理的主要内容和核心工作，纳税评估程序应该从初步筛选，识别风险点开始，经过筛选，对不程度的风险，通过不同阶段的逐级递进的措施，逐步排除并纠正纳税人的违法行为，直至发现纳税人有涉嫌犯罪行为交由稽查部门进行进一步核查。结合各地征管实践，并考虑到地域差异、行业差异以及信息化建设方面所存在差异，本次修改稿按流程设计了纳税评估的程序，从制度方面对程序进行规范。
一>是在第四条规定：纳税评估工作的一般程序是：运用税收风险管理理念，分析识别风险，明确风险等级，安排相应应对措施；对案头审核对象进行*审核，查找疑点，明确核实的内容和方式；对案头审核中发现的疑点分别采取电话、信函、网络、约谈、实地核查等方式核实疑点；针对调查核查情况作出评定处理。
二>是在各章分别规定各环节的具体操作程序，各个环节呈现出评估对象更少、评估手段更严格的递进关系。
三>是规定各个环节之间的相互衔接关系。每一个环节都会出现风险点得以排除而终结评估的情况，对那些不能在本环节排除的风险点再进行到下一环节，直到移交稽查并与稽查部门建立反馈机制，目的就是为了利用有限的管理资源，准确有效纠正纳税人的不遵从行为，提高纳税人的纳税遵从度，有利于对不同的风险进行不同的对待措施。
在第九条规定：税务机关根据税收征管资源配置情况，统筹安排，将税收风险级别高的纳税人确定为案头审核对象。在第十条规定：对税收风险级别低的纳税人，税务机关可采取纳税辅导、风险提示等方式督促其及时改正。在第十一条规定：经分析识别未发现风险的纳税人，对其实施的纳税评估终止。
在第十五条规定：经案头审核，纳税人疑点排除的，纳税评估终止；纳税人的问题事实清楚，不具有偷、逃、骗税违法行为，无需立案查处的，责令纳税人及时改正；纳税人疑点没有排除的，应进行调查核实。在第十八条规定：经电话、信函、网络、约谈等方式，纳税人对税务机关指出的疑点无异议，且无偷、逃、骗税等违法行为的，应当开展全面自查，办理补充申报，并缴纳应补缴的税款、滞纳金。税务机关对纳税人的补充申报无异议的，纳税评估终止。税务机关对纳税人的补充申报有异议的，应当实地核查。