“风险识别”是纳税评估的第一个环节，在第二章规定了税务机关对纳税人申报资料进行分析筛选，对纳税人风险级别进行识别排序，并根据风险等级明确相应的应对措施。
第三章是“案头审核”，这一章具体规定了案头审核的方法、内容和宏观指标以及在本阶段所应进行的税务处理。
第四章是“调查核实”，本章规定了税务机关为完成纳税评估而实施调查核实的方法以及税务约谈的对象、条件和要求。
第五章“评定处理”规定了纳税评估机构经过调查核实环节后，按照核实结果对纳税人分别采取的不同措施，包括终结评估、确定应纳税款、核定应纳税款、移交稽查部门立案查处等几种处理方式。
第六章是关于纳税评估工作的组织管理，这是实施纳税评估工作的一个重要支撑，也是规范纳税评估程序的一个前提保障。本章一方面规定了税务机关内部对纳税评估工作的分工与协作，并明确评估工作由征管部门统筹安排组织，克服过去税政部门针对各税种组织评估，多头对纳税人进行评估的情形。另一方面规定了从事纳税评估要有专门人员和专门岗位，要建立相应的岗责体系，从评估人员的队伍建设方面对纳税评估工作进行了规范和保障。
三、扩大纳税评估的范围
本次修改纳税评估办法，对纳税评估的范围做了两个方面的扩大和明确，一是将纳税评估的开始环节提前至申报纳税完成后的风险筛选，结束环节是选出风险最大的纳税人交由稽查立案查处为止。这样将风险管理理念贯穿纳税评估整个过程，纳税评估也贯穿税源管理的完整过程，而不仅是税源管理的某个环节性工作。按照风险管理理念，纳税人申报后，税务机关必须对其申报缴纳税款进行风险识别排序，根据风险程度大小的不同再逐步进采取更进一步的税务管理措施，这是符合国际惯例的做法。在第八条规定：风险识别是税务机关采取计算机和人工相结合的方法，分析识别纳税人纳税申报中存在的风险点，按户归集，依纳税人风险高低排序，确定其风险等级，明确相应应对措施的过程。二是规定纳税评估是针对所有纳税人的评估，而不仅仅是抽查评估某类纳税人或某个税种。在第五条规定：税务机关对所有纳税人的纳税申报情况作纳税评估；对同一纳税人各税种统筹安排、综合实施纳税评估；对多个税款所属期的纳税申报情况可以一次进行纳税评估。考虑到个体工商户数量多、零星分散、流动性强，如果对其实施常规的纳税评估可能成本高，且税务机关一直对个体户对实施定期定额征收的管理模式，本次修改评估办法，将个体工商户的纳税评估排除在本办法的适用范围外，在第三十五规定：对实行定期定额征收税款的个体工商户按《个体工商户税收定期定额征收管理办法》管理，对实行其他征收税款方式的个体工商户按本法实施纳税评估。
四、明确纳税评估的方法及与稽查的衔接
税收征收管理法的根本就是调整税务机关与纳税人之间的权利义务管理，其核心是法律赋予税务机关的税收管理权。纳税评估作为税源管理的工作程序，税务机关有权采取征管法赋予税务机关的一切税收管理手段，包括税收检查权和调查权，而电话询问、信函调查、约谈以及实地检查都是税务检查权的具体内容，当税务机关为完成纳税评估而采取上述手段时，相关主体都应当予以配合，否则需要承担征管法规定的法律责任。在第七条规定：税务机关可运用税收征管法赋予税务机关的各种手段组织实施纳税评估。在第十九条规定：经电话、信函、网络、约谈等方式，仍无法排除疑点的，税务机关应当实地核查。税务机关在实地核查时，针对疑点，可以采取税收征管法及其实施细则规定的税务检查的方式方法。
税源管理部门与稽查部门之间对纳税人税收违法行为的衔接处理方式：一是通过纳税评估，为稽查局提供案源，将评估发现纳税人有偷税、逃避追缴欠税、骗取出口退税、抗税或其他需要立案查处的税收违法行为嫌疑的，移交税务稽查处理。二是建立反馈机制，规定稽查部门经审查认为不需要立案的，应及时退回税源管理部门。稽查部门立案查处后，应当及时将处理结果向税源管理部门反馈。三是管理部门和稽查部门对是否立案存在不同认识的，由共同的局长确定是否立案查处。通过此规定，从逻辑上符合了“税务管理=纳税服务+纳税评估+税务稽查”的管理模式。因为“纳税服务”的目的是帮助纳税人履行纳税义务，“纳税评估”的目的是发现纳税人不遵从行为并督促其提供遵从度，“税务稽查”的目的是打击严重不遵从行为，三者共同构成税务管理的重要内容，缺一不可。我们希望，通过对纳税评估与稽查关系衔接的明确，克服过去在实践中对纳税评估与稽查之间界限不清，责任不明的弊端。