2.科技部会同实施方案编制工作参与部门及专业机构，共同组织专家编制项目年度指南，统一通过国家科技管理信息系统发布。指南应充分体现从基础研究、共性关键技术研发到典型应用示范的全链条部署，并保证基础研究占适当比例；应当依据实施方案进一步提出细化、明确的主要技术指标，但不得限定具体技术路线和研究方案；应当明确项目承担单位遴选方式（公开择优或定向择优），对于定向择优的项目要明确承担单位资质和能力要求。发布年度指南同时，公布编写专家组名单。保密项目要采取定向择优、非公开方式确定承担单位。
指南按项目征集。发布指南时可公布重点专项年度概算，但不先行设定项目预算控制额度。
3.项目申报单位应为具有较强科研能力和条件、运行管理规范、在中国大陆境内注册的、具有独立法人资格的企业、科研院所、高等院校等。专业机构通过国家科技管理信息系统受理项目申报，并负责申报答疑、项目查重、申报材料形式审查等。自项目指南发布日到项目申报受理截止日，原则上不低于50天，以保证科研人员有充足时间申报项目。项目、任务（课题）负责人实行限项管理。
4.专业机构按照项目评估评审相关要求组织项目评估评审，项目评估评审专家从统一的国家科技管理专家库中选取。推行视频评审，合理安排会议答辩评审。项目申报材料应提前请评审专家审阅，确保评审的效果、质量和效率。从受理项目申请到反馈立项结果原则上不超过120个工作日。
项目评审应当以同行专家为主，吸收海外高水平专家参与，评审专家中一线科研人员的比例应当达到75%左右。市场导向类项目评审注重发挥企业专家作用。采用视频或会议方式评审的，评审前公布专家名单，强化专家自律，接受同行质询和社会监督。项目申请人和申请单位不得通过打招呼、托关系等方式干扰评审专家的评审活动，一经发现将终止其申请资格，并纳入不良信用记录，情节严重的计入“黑名单”。
5.专业机构完成评审工作后，提出项目安排方案、总预算和年度预算安排方案，并按相关要求进行公示。项目安排方案按相关要求报科技部，预算安排方案按照预算申报渠道报送财政部。
6.科技部对重点专项立项程序的规范性、立项情况与任务目标和指南的相符性等提出意见，反馈专业机构并抄送财政部。财政部按照预算审核程序和要求，结合科技部意见，下达重点专项预算，并抄送科技部。
7.专业机构根据通过合规性审核的项目和预算安排发布项目立项通知，并与项目牵头单位签订项目任务书（预算书）。任务书（预算书）中要明确项目的总体目标和年度目标、经费补助方式、预算金额和支出内容，各项考核指标要与经评审确认的指标相一致，必须“落地”、细化、具体、可考核，能够真正检验项目实施效果。
三、重点专项的项目管理
1.专业机构是重点专项管理的主体，对实现任务目标负责。专业机构负责拨付项目年度经费、组织中期检查（评估）等过程管理工作。对重点专项内的不同类型项目（如基础科学、共性技术研发、应用示范等）实施分类精细化管理，加强相关项目实施的协调互动和整体推进。
2.建立年度报告制度。项目承担单位每年11月底前，向专业机构报送项目年度执行情况，执行期不足一年的项目可在下一年度一并上报；专业机构每年12月底前，向科技部提交重点专项实施年度报告。
3.根据项目执行情况，任务书签署双方均可提出调整建议，经协商后，由专业机构批复执行。对于可能影响重点专项总体目标实现的重大调整事项，要及时报科技部。
4.项目执行过程中，如遇下列情况之一，应予撤销或终止：经实践证明，研究路线不合理、不可行，或无法实现任务书规定进度，且无改进办法的；执行过程中出现了严重的知识产权问题的；所需资金、原材料、人员、支撑条件等未落实导致无法完成任务的；任务书规定的其他需撤销或终止项目的情况。任务签署双方均可提出撤销或终止建议，经协商后由专业机构批复执行，并及时报科技部。
5.专业机构组织开展项目验收（含业务验收和财务验收）工作，可采取会议验收、视频验收、现场验收、用户和第三方测评等方式进行。项目验收结论分为通过验收、不通过验收和结题三种。其中，按期完成项目目标和任务、经费使用合理的，为通过验收；因主观因素未完成项目的主要目标和任务，或经费使用和管理中存在严重问题的，按不通过验收处理；未在约定时间内完成或因不可抗拒因素未能完成项目主要目标和任务的，按照结题处理。