第十三条鉴证人应当按照税法及有关规定审核被鉴证人是否准确划分征税收入与符合免税规定的房地产开发项目收入，确认土地增值税的应税收入。
第十四条有本指导意见第八条规定应核定征收的情形，但按本指导意见第九条规定接受委托执行鉴证业务的，鉴证人应当获取具有法定资质的专业评估机构确认的同类房地产评估价格，以确认转让房地产的收入。
第十五条 鉴证非直接销售和自用房地产的收入，应当关注：
(一)开发产品用于职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他单位和个人的非货币性资产等非直接销售业务的发生情况；
(二)非直接销售收入的确定方法和顺序；
(三)将开发的部分房地产转为企业自用或用于出租等商业用途的发生情况；
(四)自用房地产的所有权转移情况。
第十六条 对被鉴证人按县级以上人民政府的规定售房时代收的各项费用的鉴证，应当采取下列程序和方法：
(一)审核其代收费用是否计入房价并向购买方一并收取；
(二)当代收费用计入房价时，审核有无将代收费用计入加计扣除以及房地产开发费用计算基数的情形。
第三节 扣除项目鉴证
第十七条 扣除项目的鉴证，应当采取下列程序和方法：
(一)评价与扣除项目核算相关的内部控制是否存在、有效且一贯遵守；
(二)获取或编制扣除项目明细表，并与会计资料核对；
(三)取得相关合同和项目概(预)算资料，并审核其执行情况和成本、费用支出情况；
(四)实地查看、询问调查和核实。剔除不属于清算项目所发生的开发成本和费用；
(五)必要时，利用专家的工作对扣除项目进行审核。
第十八条 扣除项目的鉴证，应当关注：
(一)计算扣除项目金额时，实际发生的支出应当取得但未取得合法凭据的，不得扣除；
(二)扣除项目金额中所归集的各项成本和费用，必须实际发生；
(三)扣除项目金额应当准确地在各扣除项目中分别归集，不得混淆；
(四)扣除项目金额中所归集的各项成本和费用，必须是在清算项目开发中直接发生的或应当分摊的；
(五)纳税人分期开发项目或者同时开发多个项目的，或者同一项目中建造不同类型房地产的，应按照受益对象，采用合理的分配方法，分摊共同的成本费用；
(六)对同一类事项，应当采取相同的会计政策或处理方法。会计核算与税务处理规定不一致的，以税务处理规定为准；
(七)本次清算扣除项目是否与本次清算收入配比。
第十九条 取得土地使用权所支付的金额的鉴证，应当关注：
(一)同一宗土地有多个开发项目的分摊方法与金额计算；
(二)是否含有关联方费用；
(三)是否将房地产开发销售费用、管理费用、财务费用记入取得土地使用权支付金额；
(四)是否与市场价格存在明显异常；
(五)土地闲置费等不得扣除项目是否已经剔除；
(六)是否获取合法凭证。
第二十条 土地征用及拆迁补偿费的鉴证，应当关注：
(一)实际支出金额与概(预)算是否存在明显差异；
(二)拆迁补偿费是否实际发生；
(三)由政府或者他人承担已征用和拆迁好的土地等相关扣除项目是否符合税法规定。
第二十一条 前期工程费、基础设施费的鉴证，应当关注：
(一)实际支出额与概预算是否存在明显异常，是否存在虚列情形；
(二)是否将房地产开发项目销售费用、管理费用、财务费用记入前期工程费、基础设施费；
(三)多个(或分期)项目共同发生的前期工程费、基础设施费，是否按项目合理分摊。
第二十二条 建筑安装工程费的鉴证，应当关注：
(一)是否与决算报告、审计报告、工程结算报告、工程施工合同记载的内容相符；
(二)自购建材费用是否重复扣除；
(三)单位定额成本是否存在异常；
(四)自行施工建设有无虚列、多列施工人工费、材料费、机械使用费等情况；