二是检查视同内销征税出口货物的纳税申报情况。将全部属视同内销征税的出口货物与企业实际申报情况进行比对，检查是否存在未申报纳税的出口货物；将己申报纳税的出口货物，其应申报所属期与实际申报 所属期进行比对，检查是否存在迟申报的情况。
三是检查视同内销征税出口货物应纳增值税的计算。包括：
检查已申报纳税出口货物的计税依据是否准确，要与企业账面收入金额、发票开具金额、报关单上注明的出口额以及海关电子信息进行比对，是否存在少报出口收入的情况。检查申报抵扣的进项凭证是否符合规定。是否将已申报退税或办理代理出口证明的进项凭证用于抵扣；
申报抵扣进项凭证上注明的货物名称、数量、金额与出口货物是否相吻合，是否将其他出口货物的进项凭证用于申报抵扣；
已抵扣的进项凭证是否在规定期限内申报，超过期限抵扣的进项凭证是否到其主管税务机关申请办理《外贸企业出口视同内销征税货物进项税额抵扣证明》。
（二）自营生产出口企业检查方法
1.出口销售收入的检查
（1）比对出口企业免抵退税申报、海关出口信息反映的收入与企业账面反映的明细收入，查找差异原因。
（2）检查大额出口业务。要求被查企业提供与客户交易情况，从中选择出口量大或有异常的业务进行重点检查。
（3）退关退运出口货物的检查。
①对于退关退运出口货物已收汇、已核销的，
一是检查是否有外汇管理局出具的“已冲减出口收汇核销证明” ，是否到外汇指定银行办理付汇手续，并作相应的对外付汇国际收支申报；
二是检查是否盖有海关验讫章的退运货物进口报关单；
三是检查是否有主管税务机关出具的《出口货物退运已办结税务证明》；四是检查外管、海关、税务三部门出具的退运证明所注明的退运数量、金额是否一致、与原出口是否一致，检查账面已冲减出口销售收入与实际退运的金额、实际支付的金额是否一致。
②对于在出口收汇期间发生货物全部退运进境的，
一是检查海关签发的进口报关单与原出口报关单是否一致；
二是与出口销售收入核对，对已做出口销售收入的是否作冲减处理。
③对于部分退运出口货物的，
一是检查海关在出口报关单上批注的实退运数量、金额与海关重新签发的出口返运货物进口报关单（备注栏上注明原出口报关单号）是否一致；
二是检查实际退运的出口货物与税务部门出具的《出口货物退运已办结税务证明》上注明的退运数量、金额是否一致；
三是检查账面已冲减出口销售收入与实际退运的金额、实际支付的金额是否一致。
2.“运保佣”项目的检查
（1）运费的检查。
一是根据被查企业已发生的冲减出口收入的运输费用，按运输方式的不同，《货物运输费用明细表》编制 （要区分自营报关、委托报关）。
二是检查运费凭证的是否合法。
三是审核运输费用支付真实性。
（2）保险费的检查。审核保险费凭证的合法性以及保险费用支付的真实性。
（3）佣金项目的检查。
一是根据佣金支付的明细情况，检查外销合同的签约条款和企业内部核算表，确定支付的佣金性质 (明佣还是暗佣)，是否有佣金协议。
二是检查实际收款人的真实性。可通过对收款人与交易双方的关系，判断收款人与交易双方是否存在分支机构、雇员、代理人或代表人的关系；核实付佣协议与出口合同是否存在关联关系，支付是否合理；核实收款人是否真实存在、是否收到此笔佣金(通过国际情报交流)。
三是检查过程中要区分佣金和折扣的含义。
3.进口保税料件的检查
（1）全面核对进口保税料件的进口情况。根据出口企业提供的材料等相关会计科目，按已核销的进料手册号或核销年度（实行联网监企业）账上记载情况与海关信息上反映的进口金额进行比对，查找与企业账面金额不一致的原因，判断差异合理性。
（2）检查进口保税料件的流向。在核实清楚进口保税料件金额的前提下，通过对“原材料”等材料会计科目贷方发生额的检查，确定企业在同一手册项下或一个年度内是否存在外发加工领用、深加工结转转出、结转其他手册、进料退回、转内销以及发生自然损耗或自然灾害损失等。