第三十条 完工项目结余是指完工工程在办理竣工决算后的资金结余。属于财政资金形成的完工项目结余，应当按照预算管理制度的有关规定收回同级财政部门统筹使用。
第三十一条 未完项目结存是指农业综合开发当年未完工项目收入与支出冲抵后的结存资金。县级农发机构应当加快项目建设和资金支出进度，减少未完项目结存资金规模。
第三十二条 参股经营收益是指财政资金投入到农业综合开发参股经营项目后形成的国有股权实际取得的收益。地方农发机构负责财政资金国有股权处置的审批，并督促资产运营机构按照国有股权出资比例及时足额收缴财政参股资金形成的国有股权收益。
第七章 财务报告和预算绩效管理
第三十三条 农发机构应当定期编制农业综合开发财务报告。财务报告包括资金收支情况表、资产负债表、净资产变动情况表和财务情况说明书等。
第三十四条 财务情况说明书的主要内容应当包括：财政资金和自筹资金的筹措到位情况；资金拨付和使用情况；财产物资的变动情况；参股经营投资的变动及保值增值情况；财政资金结转和结余情况；对本期或下期财务状况发生重大影响的事项；其他需要说明的事项。
第三十五条 各级农发机构应当加强预算绩效管理，依据农业综合开发年度预算、目标任务和有关行业标准等审核设定绩效目标和指标。
各级农发机构应当根据审核设定的绩效目标和指标，组织开展绩效执行监控，并运用科学合理的评价方法，对农业综合开发资金的筹集、使用以及核算的规范性和有效性等开展绩效评价。将绩效执行监控以及绩效评价结果作为分配资金和确定项目的重要参考依据。
第八章 财务监督
第三十六条 各级农发机构应当加强对农业综合开发资金筹集、管理和使用的监督检查，采取事前、事中、事后相结合，日常监督与专项监督相结合，直接组织或委托第三方的方式进行全过程监督管理。同时，积极配合审计部门、财政部门的审计和监督检查，对发现的问题及时整改。
第三十七条 农业综合开发推行资金和项目公示制，应以适当的方式将项目资金的筹集、使用等情况主动向社会公开，自觉接受社会监督。
第三十八条 各级农发机构及其工作人员在农业综合开发财务管理工作中，存在违反本办法规定，套取骗取、挤占挪用农业综合开发资金的行为，以及其他滥用职权、玩忽职守、徇私舞弊等违法违纪行为的，依照《中华人民共和国预算法》《中华人民共和国公务员法》《中华人民共和国行政监察法》《财政违法行为处罚处分条例》等国家有关规定追究相应责任；涉嫌犯罪的，依法移送司法机关处理。
第九章 附则
第三十九条 各省、自治区、直辖市、计划单列市农发机构可根据本办法规定，结合当地实际情况制定实施细则，报财政部备案，并抄送财政部驻地方财政监察专员办事处。
第四十条 中央有关部门农业综合开发项目财务管理参照本办法执行。
农业综合开发利用国际金融组织和外国政府贷款赠款项目的财务管理工作参照本办法及财政部有关规定执行。
国家对涉农资金统筹整合使用另有规定的，依照其规定。
第四十一条 本办法自发布之日起施行。财政部2006年7月发布的《农业综合开发财务管理办法》(财发〔2006〕39号)、2011年6月发布的《农业综合开发土地治理项目工程管护资金会计核算的有关规定》(财发〔2011〕15号)、2011年6月发布的《农业综合开发县级农发机构项目管理费使用的补充规定》(财发〔2011〕23号)同时废止。