第十四条 农业综合开发项目财政资金支付实行县级报账制,按照国库集中支付制度的有关规定执行。县级报账办法另行制定。
第十五 条农业综合开发资金支出涉及政府采购的，按照国家有关政府采购的规定执行。
第四章 工程成本管理
第十六条 县级农发机构对土地治理项目所形成实体工程发生的全部支出应当进行成本核算(实行先建后补的项目除外)。
第十七条 农业综合开发工程成本分为农业工程成本、水利工程成本、林业工程成本。
农业工程成本包括土地平整和土壤改良、修建田间道路、种子繁育基地建设、设施农业建设、草场建设等发生的费用；水利工程成本包括修建渠道工程、渠系建筑物工程、水源工程、小型水利水保工程、农田输配电工程等发生的费用；林业工程成本包括封禁治理，营造农田防护林、防风固沙林、水土保持林、水源涵养林、经果林及苗圃建设等发生的费用。
第十八条 农业综合开发实体工程建设所发生的费用分为直接费用和间接费用。
直接费用是形成实体工程发生的费用。包括材料费、机械设备费、普工和技工及机械施工费、林木种苗费等。
间接费用是不形成实体工程，但对形成实体工程有紧密联系所必须发生的共同费用。包括土地治理项目可行性研究报告和初步设计(实施方案)编制费、工程监理费、勘察设计费、工程预决算审计费、材料损耗等。
第十九条 县级农发机构应当严格控制土地治理项目工程成本范围，不得将项目实施计划之外的支出，以及与实体工程建设无关的费用计入工程成本。
第五章 资产和负债管理
第二十条 资产是指农发机构为实施农业综合开发项目建设所占有或使用的、能以货币计量的经济资源。包括现金、银行存款、零余额账户用款额度、应收款项、财政应返还额度、参股经营投资、预付工程款、材料、在建工程、竣工工程。
第二十一条 农发机构应当建立和健全现金等货币资金的内部管理制度。对工程款项的支付应当实行转账结算，现金收支应当执行《现金管理暂行条例》，严格控制现金结算，严禁白条入账。
第二十二条 参股经营投资是指通过资产运营机构投入到参股经营项目的农业综合开发财政资金。地方农发机构应定期对参股经营项目的运营情况进行跟踪问效。
第二十三条 在建工程是尚未完工、需继续承建的农业综合开发实体项目工程。土地治理项目竣工验收之前发生的与实体项目建设有关的成本和费用应通过在建工程科目核算。
第二十四条 竣工工程是指已经完工、符合项目建设要求并验收合格，但尚未办理资产交付手续的农业综合开发项目工程。已经具备竣工验收条件的项目，应当及时组织验收。
竣工工程验收前，由于质量问题发生的工程修复和返工费用，按有关合同规定办理。竣工工程验收后，在缺陷责任期内发生的工程修复和返工费用，从预留的质量保证金中列支或按合同有关规定办理。
第二十五条 土地治理项目完成竣工决算并验收合格后，应当依照《基本建设财务规则》(财政部令第81号)有关资产交付管理的规定及时办理资产交付手续，并明确管护主体。资产交付使用后，应及时将所形成的资产从竣工工程中转出。
第二十六条 负债是指农发机构为实施农业综合开发项目而形成的、需要以资产来偿还的债务。包括应付工程款、应付质量保证金和其他应付款。
第二十七条 应付质量保证金是指按合同约定预留的，应付给项目施工单位的工程质量保证金。付给项目施工单位的质量保证金按不高于工程价款结算总额的3%预留，待缺陷责任期满后视运行情况及时清理结算。资信好的施工单位可以用银行保函替代工程质量保证金。
采用工程质量保证担保、工程质量保险等其他保证方式的，不得再预留质量保证金。
第六章 净资产和结余资金管理
第二十八条 净资产是农业综合开发资产扣除负债后的余额。包括竣工工程基金、完工项目结余、未完项目结存、本级参股经营资金、参股经营收益。
第二十九条 竣工工程基金是指已竣工但尚未办理资产交付手续的项目工程资金。竣工工程交付使用后，应及时将所形成的净资产从竣工工程基金中转出。