关于加工贸易深加工结转，情况比较复杂，建议按如下方式掌握：
1、来料加工方面。考虑到来料加工产品的销售权实际由国外供货方控制，因此核查过程中对境内企业从事来料加工发生的深加工结转行为可不予追究，上述行为不影响其享受进口设备的退税或免税政策。
2、进料加工方面。按现行政策规定，对出口加工区等享受出口退税政策的海关特定监管区外的加工贸易企业（以下简称区外加工贸易企业）从事进料加工业务，其销售或结转到上述特定监管区内的产品被视为直接出口。区外加工贸易企业之间的进料加工深加工结转虽然海关也按进出口管理，但由于该货物在结转环节并未实际离境，因此结转环节并不实际增值税“免抵、退”政策。由于存在中间结转环节，且进料加工的销售权实际由境内企业自己控制，因此，从严格意义上说，区外加工贸易企业之间的进料加工深加工结转不属于“产品直接出口”的范畴。
此外，对2002年10月1日以前批准的产品全部直接出口项目，在2002年10月1日以后继续免税进口设备的，如在调查期内发生进料加工深加工结转行为（直接结转到享受出口退税政策的海关特定监管区内的除外），则应按照《中华人民共和国进出口关税条例》有关规定对该企业在2002年10月1日以后免税进口的设备予以补征进口税款。