第二，内部控制测试范围存在区别。注册会计师在财务报告审计中，根据成本效益原则可能采取不同的审计策略，对于某些审计领域，可以绕过内部控制测试程序进行审计。而在内部控制审计中，注册会计师则不能绕过内部控制测试程序进行审计，注册会计师应当针对每一审计领域获取控制有效性的证据，以便对内部控制整体的有效性发表意见。
第三，内部控制测试结果所要达到的可靠程度不完全相同。在财务报告审计中，对控制测试的可靠性要求相对较低，注册会计师测试的样本量也有一定的弹性。在内部控制审计中，注册会计师则需要获取内部控制有效性的高度保证，因此对控制测试的可靠性要求较严，样本量选择相对弹性较小。
第四，两者对控制缺陷的评价要求不同。在财务报告审计中，注册会计师仅需将审计过程中识别出的内部控制缺陷区分为值得关注的内部控制缺陷和一般缺陷。而在内部控制审计中，注册会计师需要对内部控制缺陷进行严格的评估，将值得关注的内部控制缺陷进一步区分为重大缺陷和重要缺陷。重大缺陷将影响到审计意见的类型。
第五，审计报告的内容不同。在财务报告审计中，注册会计师一般不对外报告内部控制的情况，除非内部控制影响到对财务报告发表的审计意见。在内部控制审计中，注册会计师应报告内部控制的有效性。
从以上五个方面可以看出，两者差异主要是具体目标、保证程度、评价要求、报告类型等属性上的实质性差异，这些决定了内部控制审计独立于财务报告审计。但在技术层面和实务工作中，两者审计模式、程序、方法等存在着相同之处，风险识别、评估、应对等大量工作内容相近，有很多的基础工作可以共享，在一项审计中发现的问题还可以为另一项审计提供线索和思路。因此，这两项审计工作完全可以整合进行，而由同一家事务所进行整合审计，不仅有利于提高审计效果和效率，降低审计成本，减少重复劳动，而且可以避免审计判断出现不一致的情形，降低企业聘请不同事务所实施审计的负担。
目前，美国《萨班斯——奥克斯利法案》和日本《金融商品交易法》均要求由出具财务报告审计报告的会计师事务所对企业财务报告内部控制进行审计，将企业内部控制审计定位在整合审计。美国的一项调查也显示，企业执行《萨班斯——奥克斯利法案》404条款第二年的成本比第一年下降46%，将两项审计工作更好地整合起来则是其中的一个主要原因。为此，我国《企业内部控制审计指引》也提倡将二者整合进行。
记者：如何保证《意见》的贯彻落实和有效执行？
答：一项制度要发挥好作用，关键在于落实。下一步，中注协将着力抓好以下工作：
第一，不断深化内部控制审计相关规章制度的宣传、动员和培训工作。为了帮助事务所更好提供内部控制审计服务，中注协将举办培训班，指导会计师事务所做好内部控制审计业务，帮助审计人员提高此类审计业务所需的知识和技能。
第二，出台“内部控制审计工作底稿编制指南”，引导事务所切实按照中国注册会计师审计准则、《企业内部控制审计指引》和《意见》执行审计工作，把内部控制审计业务作为一项单独的业务切实做实、做好、做到位。
第三，加强对事务所的专业指导。要求和指导事务所根据自身实际抓紧研究整合审计策略，制定业务规程，建立和完善内部控制审计业务质量控制体系；严格遵守《中国注册会计师职业道德守则》，并对执业过程中获知的信息保密，不得同时为客户提供内部控制咨询和评价服务；提示事务所充分认识到内部控制审计业务时间安排的特殊性，尽早与客户沟通，在期中即开展内部控制审计，以给客户整改内部控制缺陷留下充足时间。
第四，在会计师事务所执业质量检查工作中，中注协将有重点地开展对从事内部控制审计业务会计师事务所的监管，有针对性地加大检查力度，督促其严格遵循执业要求，自觉规范执业行为。发现存在执业质量问题和违背职业道德，将严格惩戒。
记者：您对企业执行内部控制规范有什么建议？
答：企业是内部控制规范建设和执行的主体，对内部控制的有效性承担主体责任，事务所审计则是鉴证监督责任。为保证企业内部控制规范的有效实施，发挥实效，提出以下几点建议：