总机构的增值税纳税期限为一个季度。总机构应当在开具增值税专用发票的次月15日前向主管税务机关报税。总机构的增值税进项税额，应当在认证当季度终了后的申报期内申报抵扣。总机构及其分支机构取得的增值税扣税凭证，应当在规定期限内到主管国税机关办理认证或者申请稽核比对。
需要提醒纳税人注意的是，除中国东方航空公司总分机构纳税人可以适用财税[2011]132号附件规定的计算方法外，其他总分机构纳税人若适用上述规定，必须经财政部和国家税务总局批准。《中华人民共和国增值税暂行条例》第二十二条第一款规定了增值税的纳税地点，即“固定业户应当向其机构所在地的主管税务机关申报纳税。总机构和分支机构不在同一县（市）的，应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税；经国务院财政、税务主管部门或者其授权的财政、税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税”。
此外，财税[2011]111号文件的附件1《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点实施办法》第七条也规定，两个或者两个以上的试点纳税人，经财政部和国家税务总局批准，可以视为一个纳税人合并纳税。具体办法由财政部和国家税务总局另行制定。本条是对两个或者两个以上的试点纳税人，可以视为一个试点纳税人合并纳税的规定。合并纳税的批准主体是财政部和国家税务总局。因此，总分机构处于“营改增”试点地区和非试点地区的纳税人，若适用上述政策，必须经财政部、国家税务总局批准后方可适用上述合并纳税政策。