为解决营业税改征增值税试点期间总机构试点纳税人缴纳增值税问题，财政部、国家税务总局发布了《财政部国家税务总局关于中国东方航空公司执行总机构试点纳税人增值税计算缴纳暂行办法的通知》（财税[2011]132号）。其中附件一《总机构试点纳税人增值税计算缴纳暂行办法》（以下简称办法）对试点纳税人的纳税方式和税务管理作出了明确规定。
纳税方式
1.分支机构自行计算缴纳税款。
分支机构按现行规定计算缴纳增值税和营业税，并按规定归集汇总已缴纳的增值税和营业税数据，传递给总机构。
以中国东方航空公司为例，假设2012年1月，北京分公司航运业务收入1000万元，上海航空公司航运业务收入2000万元，中国东方航空公司总机构收入17000万元。北京分公司2月纳税申报，应缴纳营业税1000×3%＝30（万元），在北京缴纳入库。不考虑进项税额，上海航空公司2月纳税申报缴纳增值税2000÷（1＋11%）×11%＝198.20（万元），分支机构在各自所在地缴纳的营业税、增值税以附件1《营业税传递单》、《增值税传递单》的形式，传递至总机构确认纳税。
2.总机构汇总的应征增值税销售额由两部分组成。
第一部分为总机构及其分支机构的应征增值税销售额。上例中，总机构收入加上上海航空公司收入构成的销售额为（17000＋2000）÷（1＋11%）＝17117.12（万元）。
第二部分为非试点地区分支机构发生《财政部、国家税务总局关于在上海市开展交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点实施办法》（财税[2011]111号）附件1《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点实施办法》中《应税服务范围注释》所列业务的销售额。计算公式如下：销售额＝应税服务的营业额÷（1＋增值税适用税率）。比如上例的北京分公司，应税服务业营业额为1000万元，换算销售额为1000÷（1＋11%）＝900.9（万元）。
3.总机构应纳税额计算。
总机构应当汇总计算总机构及其分支机构的应缴增值税，抵减分支机构已缴纳的增值税和营业税款后，解缴入库。不考虑进项税额抵扣，总机构应缴增值税（17117.12＋900.9）×11%－30－198.2＝1753.78（万元）。
4.总机构进项税额可以汇总确定。
上例中没有考虑非试点地区取得增值税进项税额情况，“营改增”前，对于取得发票不需要抵扣增值税，“营改增”后，总机构要按照整体销售额确定应缴纳增值税，相应非试点地区分支机构所取得的增值税进项税额发票可以抵扣。因此，办法规定，总机构的进项税额，是指总机构及其分支机构购进货物或者接受加工修理修配劳务和应税服务，支付或者负担的增值税税额，用于销售货物、提供加工修理修配劳务和发生《应税服务范围注释》所列业务之外的进项税额不得抵扣。非试点地区分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务而购进货物或者接受加工修理修配劳务和应税服务，应当索取增值税扣税凭证。尽管非试点地区分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务，按照现行规定还要申报缴纳营业税，但是从总机构层面上来看，整个东方航空公司相当于全面实施了营业税改征增值税试点。
例如，上例中北京分公司营运收入尽管缴纳营业税，但其运营业务一样可取得增值税专用发票认证，只不过要由上海总机构计算应纳税额时进行进项抵扣处理。上海总机构处理时，对于分支机构当期已缴纳的增值税税款和营业税税款，允许在总机构当期增值税应纳税额中抵减，抵减不完的，可以结转下期继续抵减。
税务管理
为保证试点改革中增值税链条的完整性，办法规定，总机构及其分支机构，一律由其机构所在地主管国税机关认定为增值税一般纳税人。非试点地区分支机构发生应税服务，应按月将当月的营业税应税营业额和已缴纳的营业税税款归集汇总，填写《营业税传递单》，报送主管地税机关签章确认后，于次月10日前传递给总机构。销售货物、提供加工修理修配劳务和应税服务的分支机构，应按月将当月应征增值税销售额、进项税额和已缴纳的增值税税款归集汇总，填写《增值税传递单》，报送主管国税机关签章确认后，于次月10日前传递给总机构。