（三）关联交易方面
是否存在与其关联企业之间的业务往来，不按照独立企业之间的业务往来收取或者支付价款、费用而减少应纳税所得额的，未作纳税调整。
四、个人所得税
检查企业以各种形式向职工发放的工薪收入是否依法扣缴个人所得税，重点检查项目如下：
1．为职工建立的年金；
2．为职工购买的各种商业保险；
3．超标准为职工支付的养老、失业和医疗保险；
4．超标准为职工缴存的住房公积金；
5．以报销发票形式向职工支付的各种个人收入；
6．车改补贴。进行了公司用车改革的企业，所在地区已明确公车改革个人所得税税前扣除标准的，在标准外以发票方式为职工报销交通费用的，计入当月个人收入征税；未明确公车改革个人所得税税前扣除标准的，应合理确定交通补贴中因私用形成的个人收入部分，扣缴个人所得税；
7．为职工所有的房产支付的暖气费、物业费；
8．股票期权收入。实行员工股票期权计划的，员工在行权时获得的差价收益，是否按工薪所得缴纳个人所得税；
9．以非货币形式发放的个人收入是否扣缴个人所得税。
民航企业税收检查提纲（供参考）
一、增值税方面
1.是否存在取得的航空配餐收入未按规定计收入，少缴增值税的情况（部分航空公司有航空配餐部门）。
2.是否存在收取的供暖费，不按规定记入收入账户直接挂记往来账户，少缴增值税的情况。
3.是否存在转供水电收取的价款不按规定记入收入账户直接挂记往来账户，未按规定计收入少缴增值税的情况。
4.非货币性资产交换，应当缴纳增值税的是否按照视同销售缴纳增值税。
二、营业税方面
1.机票收入方面
全部收入包括本公司全部机票收入加上从其他航空公司或售票点收回的收入减去支付给其他航空公司机票款后的余额。航空企业的信息数据海量，电算化程度较高，其售票系统，涵盖了绝大多数资费信息，是非常重要的计税依据。重点自查售票系统的数据转换到财务系统的收入数据是否真实、完整，如果售票系统的收入数据大于与财务系统的数据，要进一步核实原因，确定是否按照规定缴纳营业税。
2.代售票业务收入的检查
销售其他航空公司机票一般要从相应公司取得一定比例的代理销售手续费收入，要检查这部分收入是否及时、足额计入应税收入，确定是否按照规定缴纳营业税。
3.打折销售的机票，要核实其收入与相关折扣是否按配比原则、权责发生制原则冲减收入，是否多冲减当期收入，。是否存在以赠送机票的形式抵顶企业正常的费用支出等侵蚀营业税税基，如：支付代理商的佣金、职工竞赛奖励、营业厅装修补贴、基建房租等。
4.非货币性资产交换，应当缴纳营业税的是否做视同销售缴纳营业税。
5.取外公司借用本单位人员劳务收入挂及往来帐或直接冲减费用，是否按照规定申报缴纳营业税。
6.是否在收入中直接抵扣超标准支付的机票代理手续费，未按规定申报缴纳营业税及附加。
7.其他少缴营业税方面的问题。
三、企业所得税
（一）收入方面
参照一、二所列问题，同时还要注意的几个问题
1.溢余收入、逾期未退包装物收入、确实无法偿付的应付款项、已做损失处理后又收回的应收款项、债务重组收入、补贴收入、违约金收入等是否按规定计入当期损益。
2.其他应计未计收入问题。
（二）费用支出方面
1.工资。2007年两法合并前，将工资性的支出列入了营业费用，未进行纳税调整。以差旅费、车船燃料费名义按月列支职工交通补贴，以邮电费名义按月列支通讯补贴未计入工资，未进行纳税调整。在劳动保险费中列支职工交通意外保险、员工子女保障保险等商业保险，未进行纳税调整。以会议费、公杂费、宣传费名义列支部分职工奖励费，以劳动保护费名义支付给职工人人有份的误餐费，未计入职工工资，未进行纳税调整；实行工效挂钩的企业，其工资发放是否符合工资总额增长低于经济效益的增长幅度，职工平均工资增长幅度低于劳动生产率增长幅度内的标准。2007年以后工资两法合并后工资的发放是否符合“五个原则”。有无在管理费用等账户中列支劳动竞赛费等工资性费用的情况。