7、二次业务管理。二次业务，即车辆的过户、转籍、变更以及相应的档案变动手续，在《征管办法》中占有相当篇幅。按现行规定，车购税管理的二次业务，基本上比照车管部门的车辆过户、转籍、变更以及相应的车辆档案变动管理。车辆发生过户、转籍、变更等情况时，车主应到主管税务机关办理二次业务。过户是指注册地未变而车主发生变动，转籍是指车辆登记注册地发生变动，变更是指车主名称、车辆识别号发生变更。
随着汽车市场的发展，二手车交易日趋频繁，二次业务工作量越来越大，基层负担较重，纳税人反映也比较多。据调查，二次业务大体上占到主管税务机关业务量的三分之一。为了减轻基层二次业务工作负担，各地积极推行车购税档案电子化管理，取得了较好的效果。
有意见认为，二次业务是多年延续的做法，有其存在价值，既是促进纳税人诚信纳税的威慑力量，也是促使免税条件消失应缴税车辆按照规定申报缴税的有效手段，同时也可以起到对一次业务中少缴的税款进行补缴的作用。也有意见认为，车购税一次性征收，车辆缴税后再转手不用缴纳车购税，而且按规定车管部门没有为车购税二次业务把关的责任，因缺乏制约手段，其促进诚信纳税、监控免税条件消失应缴税车辆、补缴少缴税款的效果并不明显，投入产出不成比例，建议完全取消二次业务。
修订稿认为，二次业务有其积极的一面，也有其消极的一面。为了减轻纳税人和基层负担，修订稿采取简化二次业务的思路。一是从性质上将车购税档案归位为征管档案，把档案管理与二次业务区**，规定主管税务机关按照规定建立和管理车购税征管档案，明确车购税征管档案实行电子化管理。二是简化过户、转籍、变更业务以及相应的档案变动内容，转籍业务只保留跨省转籍，省内转籍业务修改为按变更处理。三是实行电子化管理以后，原始档案不动，过户、变更只需要做电子处理，转籍只转复印件，电子档案全部推行到位以后，将来也可以只需要进行电子处理。
9、税收检查及其他后续管理措施。为了促进车购税征管全面融入税收征管格局，针对当前车购税征管工作中存在的只顾征收而忽视管理、基本上不对车购税进行税收检查和税务稽查等问题，修订稿明确，主管税务机关应当按照规定加强税源管理，发现纳税人涉嫌偷税的，移送稽查部门查处；主管税务机关应对单位纳税人按规定组织日常检查和专项检查；上级税务机关应按规定组织开展车购税执法检查。
10、公安机关车辆管理机构的协同管理。如前所述，车辆登记上牌是管好车购税的最后一道重要关口。车购税条例和道交法明确规定，纳税人未缴车购税，车管部门不得办理车辆登记注册手续。
修订稿增加了重申并细化的规定，一是明确纳税人应当在向车管部门办理登记注册前办理纳税申报，底盘更换车辆和免税条件消失车辆应在向车管部门办理变更或者过户手续前重新办理纳税申报。二是明确税务机关可以按照规定书面通知车管部门暂扣车辆牌照，纳税人缴清税款后应当及时通知车管部门解除扣留。