修订稿增加并完善相关规定，一是统一价外费用政策，增加增配费、装饰美容费、加价费三项，剔除保险费、上牌费、政府性基金和行政事业性收费三项。增配费、装饰美容费、加价费是实际生活中最常见的价外费用，现行规定没有列举。加价售车是否违法，目前有争议。修订稿意见，对加价费征税，并不意味着对加价售车是否违法予以肯定或者否定。价外费用本属反避税范畴，代收代交保险费等容易确认，避税风险较小，现行规定概无例外的做法既不合理，也与增值税等其他税种规定不一致。二是要求把车辆价款和价外费用全部开具在同一张机动车销售发票上，主要是便于控管，实现以票控税的目的，也解决目前有的开票、有的不开票、有的开机动车统一发票、有的开其他发票的混乱状况。三是明确凡不按规定开票的，主管税务机关依发票管理办法对经销商进行处罚。
3、最低计税价格管理。最低计税价格管理属于反避税制度，目前仍然是管好车购税的必要手段。
修订稿从三个方面进行了完善，一是将“车辆生产企业提供的车辆价格信息”修改为“车辆生产企业和进口企业报送的车辆出厂价格和进口价格”，既明确车辆生产企业和进口企业的报送义务，也明确报送内容为车辆出厂价格和进口价格。二是修改新车最低计税价格认定规定。过去的规定是，由主管税务机关按同类型车辆确定最低计税价格，并报上级税务机关备案，省级税务机关再将备案价格确定为本地区临时最低计税价格。由于是新车，同类型的确定人为因素较大，实际工作中容易引发争议。修订稿取消临时最低计税价格的做法，既减少征纳纠纷，也减轻省级税务机关工作负担。修订稿分三种情况进行处理，有同类型的按同类型确定最低计税价格，没有同类型的按发票注明价格计税，发票价格明显偏低的由主管税务机关调查核实。修订稿也要求备案，但备案是为了作为税务总局核定最低计税价格的上报信息。三是针对当前部分汽车生产企业，特别是货车、大客车生产企业低报出厂价格的问题，要求在报关的价格信息明显异常时主管税务机关应当调查核实，货车、大客车生产企业和进口企业报送车辆价格信息，主管税务机关应当实地验车，但不要求全部实地验车。现行《车购税价格采集管理办法（试行）》将根据《征管办法》的修订进行修改完善。
4、实地验车制度。现行规定要求主管税务机关在办理纳税申报时对纳税人申报车辆进行实地验车。由于场地的限制，特别是随着汽车消费的迅猛增长，实地验车可操作性差，也增加纳税人和基层负担。事实上，目前除了极个别地方，实地验车基本上没有执行，存在明显的执法风险。
修订稿取消纳税申报时全部实地验车的规定，但为了发挥实地验车防止纳税人虚假申报车辆配置信息从而规避最低计税价格管理的作用，要求在纳税人申报的车辆配置信息明显影响车辆最低计税价格认定的情况下进行实地验车。
5、车购税完税证明。按现行规定，主管税务机关办理纳税申报时除了开具税收缴款书，还要核发车购税完税证明；完税证明分正本、副本，正本由纳税人保管以备查验，副本用于办理车辆登记注册；完税证明损毁、丢失的，纳税人应在登报遗失声明后申请补办。车辆过户、转籍、变更等均涉及完税证明。
车辆登记上牌是管好车购税的最后一道重要关口，完税证明在这方面承载重要功能，税收缴款书难当此任，所以继续保留完税证明。但现行规定将完税证明作为证件管理，既增加纳税人负担，也无必要。修订稿将完税证明去证件化，不再规定查验，也不要求登报遗失，纳税人申请即可换证或补办。
6、减免税管理。减免税管理规定在《征管办法》中所占条文较多。
修订稿的修改主要是五个方面，一是原则性规定车购税减免税应依法进行，主要是针对基层存在的不按程序办理的问题，明确主管税务机关应当按照税务总局规定的减免税程序办理减免税。二是完善设有固定装置非运输车辆免税管理，将免税图册的编列与减免税业务的审批办理**。按现行做法，往往是车辆生产企业填写减免税申请表后逐级上报税务总局，税务总局经审核未能列入免税图册的，逐级退回车辆生产企业；列入免税图册的，纳税人直接到主管税务机关办理免税。但实际上车辆生产企业不是纳税人，提出免税申请于法不合。修订稿规定，车辆生产企业或纳税人报送列入免税图册车辆信息，主管税务机关逐级上报税务总局经审核列入免税图册的，主管税务机关依据免税图册、按照减免税程序为纳税人办理免税；审核不通过未列入免税图册的，税务总局以适当方式告知主管税务机关，由主管税务机关告知车辆生产企业或纳税人。具体办法另行制定。三是针对免税规定滥用的实际问题，明确留学人员、来华专家免税小汽车范围以及限定来华专家享受免税的是进口自用车辆，增加来华专家提供个人护照的要求。四是鉴于经国务院批准减免税的车辆已不限于防汛和森林消防车辆，将相应条款概括规定为经国务院批准减免税的车辆，主管税务机关依据国务院税务主管部门文件审核办理免税。五是通过事前告知、事后监管的办法，更加有效地加强对免税条件消失应缴税车辆的监控。修订稿规定，对于免税条件消失应缴税车辆，完税证明中应注明纳税人在免税条件消失后不按规定申报缴税按偷税论处的法律后果；借鉴海关免税车辆监管期的做法，要求主管税务机关在五年内进行监管，初步拟定为每年进行抽查，检查方法为到车管部门核查或者通知纳税人到税务机关接受检查。具体办法另行制定。