五、主管税务机关审核无误后，应向上级税务机关正式上报，并将增值税扣税凭证逾期情况说明、第三方证明或说明、逾期增值税扣税凭证电子信息、逾期增值税扣税凭证复印件作为上报文件附件，以供上级机关审核。经逐级审核后上报至国家税务总局。
六、我局将定期公告各地上报的逾期增值税扣税凭证信息，对稽核比对相符的，允许纳税人继续抵扣逾期增值税扣税凭证上所注明或计算的税额。
附件1：增值税扣税凭证逾期抵扣申请单
附件2：逾期增值税扣税凭证电子信息格式
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关于增值税扣税凭证逾期处理问题的公告说明
为保障纳税人权益，优化纳税服务，经国务院批准，我们拟发布公告，对纳税人因客观原因造成增值税扣税凭证逾期的，通过逐级审核、系统稽核比对无误等程序后，允许纳税人继续抵扣其进项税额。现将有关情况说明如下：
一、客观原因范围界定问题
在上报国务院的请示中，我们已经列出了客观原因的主要类型，我们拟将这些客观原因在公告中一一明确。具体包括：自然灾害、社会突发事件等不可抗力原因；经办人因发生交通事故造成伤亡或者突发大病住院；有关行政机关在办理业务或者检查中，扣押增值税扣税凭证，纳税人不能正常履行申报义务；增值税扣税凭证被盗；因买卖双方经济纠纷；邮政误递；纳税人搬迁新址，注销旧户和注册新户的时间过长，纳税人不能正常申报纳税，取得的扣税凭证也不能按期办理认证或者申请稽核比对；税务机关信息系统或者网络故障，未能及时处理纳税人网上认证数据等税务机关自身原因。
另外，社会经济现象复杂多样，可能还有其他目前尚未预料到的客观原因，因此我们拟定了兜底条款“国家税务总局规定的其他情形”。
二、办理程序问题
为严格办理程序，我们拟定了《增值税扣税凭证逾期办理办法》，详细规定了办理的程序及纳税人需要提供的材料。首先，由纳税人填写《增值税扣税凭证逾期抵扣申请单》，并同时报送逾期情况说明、第三方证明或说明、电子信息等资料。其次，主管税务机关需对纳税人提供资料进行审核，重点对逾期情况说明是否属于客观原因、第三方证明或说明所述时间的逻辑性、资料信息的一致性等进行审核。再次，在主管税务机关审核无误后，逐级上报至总局进行逾期稽核比对。最后，由我局定期公告逾期增值税扣税凭证信息，对稽核比对相符的，允许纳税人继续抵扣其进项税额。
三、执行时间问题
从我们已处理的逾期增值税扣税凭证情况来看，最早的逾期票据为2006年开具，为切实解决纳税人逾期票据问题，我们拟定2006年1月1日以后开具的增值税扣税凭证均可申请办理逾期抵扣手续。
根据以上意见，我们草拟了公告，如无不妥，请签发。
haihan235点评拟出台文件的相关背景——
意气之争的公告——关于增值税扣税凭证逾期处理问题的公告
且说国家税务总局被审计署点名批评“自行随意允许增值税扣税凭证逾期处理”问题后，国家税务总局觉得自己的权威受到挑战，因为证明自己没有错误（如果定性是行政执法错误，估计不仅仅是部门司长的问题，某些局长也逃脱不了干系）。
首先攻击审计署不熟悉业务，结果人家审计署专门召开新闻记者会，反驳了国家税务总局的说法。
国家税务总局见业务上争论不过人家审计署，就向国务院法制办讨说法听证，结果财政部来一个和稀泥，说：“增值税扣税是纳税人的权力，让扣税是合情，总局有规范文件，超过180天就不能扣税，是法规就应该人人一视同仁，让扣税是不合法”。
国家税务总局说：不就是需要一个法规嘛，俺出一个就行了，于是“关于增值税扣税凭证逾期处理问题的公告”就出台了，国务院法制办说：“这个不行，不能朝令夕改呀”。
国家税务总局说说：“你不让俺出，俺们来民意调查，就让民意和纳税人说话”。于是“征求意见稿”公布了。