检查工作应涵盖企业生产经营涉及的全部税种
其中，四个主要税种的检查提纲如下：
一、增值税
（一）进项税额
1.用于抵扣进项税额的增值税专用发票是否真实合法：是否有开票单位与收款单位不一致或票面所记载货物与实际入库货物不一致的发票用于抵扣。
2.用于抵扣进项的运费发票是否真实合法：是否有与购进和销售货物无关的运费申报抵扣进项税额；是否有以购进固定资产发生的运费或销售免纳增值税的固定资产发生的运费抵扣进项税额；是否有以国际货物运输代理业发票和国际货物运输发票抵扣进项；是否存在以开票方与承运方不一致的运输发票抵扣进项；是否存在以项目填写不齐全的运输发票抵扣进项税额等情况。
3.是否存在未按规定开具农产品收购统一发票申报抵扣进项税额的情况，具体包括：向经销农产品的单位和个人收购农产品开具农产品收购发票；扩大农产品范围，把非免税农产品（如方木、枕木、道木、锯材等）开具成免税农产品（如原木）；虚开农产品收购统一发票（虚开数量、单价，抵扣税款）。
4.用于抵扣进项税额的废旧物资发票是否真实合法。
5.用于抵扣进项税额的海关完税凭证是否真实合法。
6.是否存在购进固定资产申报抵扣进项税额的情况。
7.是否存在购进材料、电、汽等货物用于在建工程、集体福利等非应税项目等未按规定转出进项税额的情况。
8.发生退货或取得折让是否按规定作进项税额转出。
9.用于非应税项目和免税项目、非正常损失的货物是否按规定作进项税额转出。
10.是否存在将返利挂入其他应付款、其他应收款等往来帐或冲减营业费用，而不作进项税额转出的情况。
（二）销项税额
1.销售收入是否完整及时入账：是否存在以货易货交易未记收入的情况；是否存在以货抵债收入未记收入的情况；是否存在销售产品不开发票，取得的收入不按规定入账的情况；是否存在销售收入长期挂帐不转收入的情况；是否存在将收取的销售款项，先支付费用（如购货方的回扣、推销奖、营业费用、委托代销商品的手续费等），再将余款入账作收入的情况。
2.是否存在视同销售行为、未按规定计提销项税额的情况：将自产或委托加工的货物用于非应税项目、集体福利或个人消费，如用于内设的食堂、宾馆、医院、托儿所、学校、俱乐部、家属社区等部门，不计或少计应税收入；将自产、委托加工或购买的货物用于投资、分配、无偿捐助等，不计或少计应税收入。
3.是否存在开具不符合规定的红字发票冲减应税收入的情况：发生销货退回、销售折扣或折让，开具的红字发票和账务处理是否符合税法规定。
4.是否存在购进的材料、水、电、汽等货物用于对外销售、投资、分配及无偿赠送，不计或少计应税收入的情况：收取外单位或个人水、电、汽等费用，不计、少计收入或冲减费用；将外购的材料改变用途，对外销售、投资、分配及无偿赠送等未按视同销售的规定计税。
5.向购货方收取的各种价外费用（例如手续费、补贴、集资费、返还利润、奖励费、违约金、运输装卸费等等）是否按规定纳税。
6.设有两个以上的机构并实行统一核算的纳税人，将货物从一个机构移送到其他机构（不在同一县市）用于销售，是否作销售处理。
7.对逾期未收回的包装物押金是否按规定计提销项税额。
8.是否有应缴纳增值税项目的业务按营业税缴纳。
9.增值税混合销售行为是否依法纳税：对增值税税法规定应视同销售征税的行为是否按规定纳税；从事货物运输业务的单位和个人，发生销售货物并负责运输所售货物的混合销售行为，是否按规定缴纳增值税。
10.兼营的非应税劳务的纳税人，是否按规定分别核算货物或应税劳务和非应税劳务的销售额；对不分别核算或者不能准确核算的，是否按增值税的规定一并缴纳增值税。
11.按照增值税税法规定应征收增值税的代购货物、代理进口货物的行为，是否缴纳了增值税。
12.免税货物是否依法核算：增值税纳税人免征增值税的货物或应税劳务，是否符合税法的有关规定；有无擅自扩大免税范围的问题；军队、军工系统的增值税纳税人，其免税的企业、货物和劳务范围是否符合税法的规定；福利、校办企业其免税的企业、货物和劳务范围是否符合税法的规定；兼营免税项目的增值税一般纳税人，其免税额、不予抵扣的进项税额计算是否准确？