(三)建立健全税务违法案件协查制度。总局将制定下发《税务违法案件协查管理办法》，建立税务违法案件协查网络，指导各级税务机关开展税务违法案件协查工作，各级税务机关应当从全国税收工作全局出发，遵照执行。
(四)建立健全税务违法案件查处制度。为便于各级税务机关开展税务违法案件查处工作，总局将根据《中华人民共和国行政处罚法》、《中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则的有关法规，制定《税务行政处罚实施办法》，针对具体情况法规相应的处罚标准。总局还将商公安部建立涉税刑事案件移送制度。
(五)建立健全税务违法案件公告制度。实行税务稽查公告制度有利于对税务违法犯罪活动形成全社会的舆论压力，提高纳税人依法纳税意识，同时有利于对税务稽查工作实施社会监督。总局将制定《税务违法案件公告办法》，各级税务机关要按法规向社会公布税务违法案件的查处情况。
(六)建立健全税务稽查工作报告制度。各级税务机关应当依照总局下发的《税务稽查工作报告制度》，按时向总局报告税务稽查工作情况。总局还将适应税务稽查工作的需要制定下发《重大税务违法案件专报办法》，并建立税务稽查工作考核制度，各级税务机关应遵照执行。
四、依法规范税务稽查工作权限和程序
规范税务稽查工作权限和程序，不仅是有效开展税务稽查工作的重要保证，而且是税务稽查工作内在监督制约机制的重要内容。同时，严格执行税务稽查工作法定的权限和程序是纳税人合法权益的重要保证。各级税务机关必须严格依照《中华人民共和国刑法》、《中华人民共和国行政处罚法》、《中华人民共和国税收征收管理法》及其实施细则和《税务稽查工作规程》等法律、法规、规章所法规的权限和程序开展税务稽查工作。要适应新情况理顺涉税刑事案件中与公安、检察机关的工作关系，依法做好涉税刑事案件的移送工作。要切实保障纳税人的权利，实行执法责任制和评议考核制。为了促进各级税务稽查部门规范税务稽查工作权限和程序，严格依法执法，总局将结合每年一次的税收执法检查，对全国税务稽查工作进行执法监督检查。各级税务机关要结合自身实际，定期或者不定期地对本地税务稽查工作进行执法监督检查。
五、加大税务违法案件查处力度
打击力度不足是各种税务违法犯罪活动猖撅的重要原因之一, 各级税务机关必须加大税务违法案件查处力度，严厉打击税务违法犯罪活动。要集中力量重点查处一批社会影响比较大的税务违法案件。要善于利用现代化手段提高税务违法案件查处效率，要依法加大处罚打击力度。该移送的涉税刑事案件要依法移送，该予以罚款的税务违法案件要在法定的幅度范围内提高罚款比例。对于企业事业单位的税务违法犯罪活动，必须依法追究直接责任人员的责任。对于扣缴义务人的税务违法犯罪活动，必须依法追究扣缴义务人的责任。
六、加强税务稽查队伍建设
随着税收征管改革的逐步深化，税务稽查部门的税务行政执法权将更加突出，各级税务机关必须进一步加强税务稽查队伍建设。要按照税务稽查工作的要求，加强对所属稽查局的领导班子建设。要将政治素质高、业务能力强的干部选拔到稽查局的领导岗位上。要采取多种形式加强税务稽查人员的教育工作，坚持用邓小平理论武装税务稽查干部队伍，切实提高税务稽查干部队伍的素质。要根据税务稽查工作的实际情况，按照税收征管改革的要求，在保证人员素质的前提下，合理配备税务稽查人员，1998年稽查人员占总人数的比例要达到25%左右。要充实一部分法律专业人员、会计专业人员和懂计算机开发应用的专业人员以及懂外语和西方会计的专业人员加强税务稽查力量。要定期组织税务稽查人员业务培训，学政治，学业务，学法律，学管理，提高税务稽查干部队伍的整体素质。
七、强化对税务稽查部门的监督制约
税务稽部门是税务系统行使税务行政执法权的重要单位。
各级税务机关必须从税务稽查工作的特殊性出发，强化对所属稽查局的监督制约，各级税务机关所属稽查局和税务稽查人员必须充分认识加强监督制约的必要性，将这方面的工作作为稽查工作廉政建设的重要任务来抓。税务稽查工作要按照专业化管理要求和税务稽查业务流程，建立按照确定选案对象、实施稽查、稽查审理、处理决定执行四个环节分工负责、互相配合、互相制约的运行机制。