辨明了“十万”之说；再论纠参部下的责任，言语晚为犀利：“至云杭城全数出窜，未闻纠参，尤不可解。金陵早已合围，而杭州则并未能合围也；金陵报“杀贼净尽”，杭州报‘首逆实已窜出’也！”仅是这两句话，便如老吏断狱，判定曾国荃有不容贼众逸出的责任，而曾国藩有谎报军情的罪过。但在结尾上，却又笔锋一转，故弄狡猾：“臣因军事最尚质实，故不得不辩。至此后公事，均仍和衷商办，臣断不敢稍存意见，自重衍尤。”这段话是所谓“绵里针”，看来戒慎谦和；其实棱角森然，句句暗隐着指责曾国藩的意思在内。
这通奏折发出，不过半个月便有了回音。由恭王出面的“廷寄”，措词异常婉转，不说一时还不能封左宗棠的爵，却说“左宗棠自入浙以来，克复城隘数十处，肃清全境，厥功甚伟。本欲即加懋赏，恐该督以洪幼逆未灭，必将固辞；一俟余孽净尽，即降恩旨。”是很明显地暗示，左宗棠封爵，不过迟早间事。
关于他与曾国藩的争辩，亦有温 愉：“朝廷有功诸臣，不欲苛求细故。该督于洪幼逆之入浙，则据实入告；于其出境则派兵跟追，均属正办。所称此后公事仍与曾国潘和衷商办，不敢稍存意见，尤得大臣之体。深堪嘉尚。朝廷所望于该督者，至大且远；该督其益加勉励，为一代名臣，以副厚望。”上谕中虽未责备曾国藩，但是非好恶，已表现得很清楚。而许左宗棠以“一代名臣”，更是上谕中难得一见的字样。总之这一场御裁的笔墨官司，左宗棠占尽上风；而与曾国藩的怨，自然也结得更深了。
曾左结怨，形诸表面的，是口舌之争；暗中拼命抵拒的，是地盘之争。而又象在夹缝中受挤，又象首当其冲的是曾国荃。
曾国荃的本职是浙江 巡抚。用失之时，为了鼓励将帅，不按建制任职；此省大员在他省领兵，事所常有。但战事告一段落，情形就不一样了。
照常理而论，曾国荃即令破江 宁以后有过失，到底百战功高；应该让他赴浙江 巡抚本任，才是正办。无奈左宗棠以闽浙总督兼署浙巡，绝无退让之意。而曾国藩为曾国荃告病，虽由于忧谗畏讥，以急流勇退作明哲保身之计；其实亦是看透了老弟有“妾身不分明”的隐衷，估量他决不能到任，不如自己知趣。
在朝廷却又能左右为难之苦。一方面东南军务地**于湖州克复、全浙肃清，不能不敷衍左宗棠的面子；一方面却又觉得真个让簇新的一位伯爵，解甲归田，不是待功臣之道。因此，对于曾国荃告病，一直采拖延着不作明确的处置；希望曾左之间，能够消释嫌怨，言归于好，由左宗棠出面奏请交 卸篆，饬令曾国荃到任。
这是个不能实现的奢望。朝廷看看拖着不是回事，决定成全曾国藩的心愿，许曾国荃辞职。可是空出来的浙江 巡抚这个缺，由谁替补？却颇费斟酌。
朝廷也知道左宗棠的意思，最好是让蒋益澧由藩司升任，而浙江 藩司一缺，则由左宗棠保荐。无奈蒋益澧的资望还浅；并且这样处置，在曾国藩的面子上太难看。朝廷调和将帅，决不肯轻易予人以偏袒某人的印象，所以左宗棠的意愿是不考虑的了。
要考虑的是：第一、新任浙江 巡抚确需清廉练达的干才，因为洪杨所蹂躏的各省，浙江 被祸最惨；善后事宜亦最难办，非清廉干练，不足以胜任。第二、此人要与左宗棠没有什么恩怨；而又能为曾国藩，甚至李鸿章所支持，然后浙江 的善后事宜，才能取得邻省的援助。第三、大乱已平，偃武修文；浙江 巡抚是洪杨平后委派的第一员封疆大吏，也是恢复文治的开始，所以此人最好科甲出身。如果有过战功，更为理想。结果选中了一个很理想的人。此人名叫马新贻，字谷山；先世是回回，从明太祖打天下有功，派在山东卫所当武官，定居曹州府荷泽县，已历四百余年之久，因此，马新贻除了信回教以外，彻头彻尾是个山东土著。在马新贻的新命传至浙江 的同时；江 西来了一个重要而有趣的消息，“幼逆”洪福真终于落网了。
收束平洪杨的军务，却还有相当艰巨的戡乱大任，需要部署。
恭王、文祥的计议，犹有三处叛乱要平服，才能臻于太平盛世。这三处叛乱是：第一、南窜的洪杨余孽；第二是扰乱中原的捻匪；第三是荼毒生灵、为患西陲的回乱。
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