五、关于营业利润
中印协定规定，如果缔约国一方企业通过设在缔约国另一方的常设机构进行营业，则缔约国另一方可对直接或间接属于常设机构的利润征税，但如果该企业证明相关活动不是由常设机构进行的，或者与常设机构无关，则不适用该规定。《议定书》对该条款进行了修改，规定如果缔约国一方企业通过设在缔约国另一方的常设机构进行营业，则缔约国另一方仅可对归属于该常设机构的利润征税。
六、关于利息
中印协定规定，发生于缔约国一方而为缔约国另一方政府、其行政区、地方当局及其中央银行或者完全为其政府所有的金融机构取得的利息；或者为该缔约国另一方居民取得的利息，其债权是由该缔约国另一方政府、其行政区、地方当局及其中央银行或者完全为其政府所有的金融机构间接提供资金的，应在该缔约国一方免税。
《议定书》将该条款修改为，发生于缔约国一方而支付给缔约国另一方政府、其行政区或地方当局，中央银行或者完全为缔约国另一方政府拥有的金融机构的利息；或者因缔约国另一方政府、其行政区或地方当局，中央银行或者完全为缔约国另一方政府拥有的金融机构所担保或保险的贷款而支付的利息，应在首先提及的缔约国一方免税。《议定书》明确“中央银行”一语，在中国是指中国人民银行，在印度是指印度储备银行，同时列名了两国可享受上述免税待遇的金融机构。
七、关于享受协定优惠的资格判定
为防止协定滥用，《议定书》纳入了“享受协定优惠的资格判定”条款，即“主要目的测试”，要求如申请协定优惠的人是以获取协定优惠待遇为其安排或交易的主要目的之一，则不得享受协定优惠待遇。
中印双方已完成《议定书》生效所必需的各自国内法律程序。按照《议定书》第十三条第二款和第三款规定，《议定书》于2019年6月5日生效，在中国适用于2020年1月1日或以后开始的纳税年度中取得的所得，在印度适用于2020年4月1日或以后开始的财政年度中取得的所得。