将第四条第三款修改为“液体保税仓库，是指专门提供石油、成品油或者其他散装液体保税仓储服务的保税仓库。”
(二)删去第五条第二款。
(三)删去第八条第(二)项、第(四)项和第(五)项。
(四)将第九条第(二)项中的“安全隔离设施”修改为“隔离设施”，删去第(四)项中的“符合会计法要求的会计制度”和第(五)项。
(五)删去第十条。
(六)将第十二条中的“直属海关”修改为“主管海关”。
(七)将第十三条中的“经海关注册登记并核发《中华人民共和国海关保税仓库注册登记证书》(以下简称《保税仓库注册登记证书》)，方可投入运营”修改为“经海关注册登记并核发《保税仓库注册登记证书》，方可以开展有关业务”。
增加一款，作为第二款“《保税仓库注册登记证书》有效期为3年。”
(八)删去第十六条。
(九)将第十八条中的“并定期以计算机电子数据和书面形式报送主管海关”修改为“并定期报送主管海关”。
(十)删去第十九条第二款中的“所存货物范围和商品种类”，将“应当经直属海关批准”修改为“主管海关受理企业申请后，报直属海关审批”。
删去第三款。
(十一)删去第二十条第一款。
删去第二款。
删去第三款中的“因其他事由”，将“经海关审核后”修改为“经主管海关受理报直属海关审批后”。
(十二)将第二十一条第一款中的“持有关单证”修改为“凭有关单证”，删去“根据核定的保税仓库存放货物范围和商品种类”。
删去第二款。
(十三)删去第二十六条第二款。
(十四)删去第二十七条第二款。
(十五)增加一条作为第三十一条“本规定所规定的文书由海关总署另行制定并且发布。”
(十六)对条文顺序作相应调整。
七、对《中华人民共和国海关关于加工贸易边角料、剩余料件、残次品、副产品和受灾保税货物的管理办法》(海关总署令第111号公布，根据海关总署令第198号和第218号修改)作如下修改：
(一)删去第一条和第十五条中的“内销审批和”。
(二)删去第四条中的“商务主管部门免予审批，企业直接报主管海关核准并办理内销有关手续”。
(三)删去第六条第(一)项中的“商务主管部门免予审批，企业直接报主管海关核准”，将第(二)项中的“由商务主管部门按照有关内销审批规定审批，海关凭商务主管部门批件对合同内销的全部剩余料件按照规定计征税款和缓税利息”修改为“海关对合同内销的全部剩余料件按照规定计征税款和缓税利息”。
(四)删去第八条第二款中的“加工贸易企业需要内销的副产品，由商务主管部门按照副产品实物状态列明内销商品名称，并且按照加工贸易有关内销规定审批，海关凭商务主管部门批件办理内销有关手续”。