对有前款所列行为之一的单位和个人，由税务机关责令限期改正，没收非法所得，可以并处一万元以下的罚款。有前款所列两种以上行为的，可以分别处罚。
因此，被盗、丢失发票会因“未按照规定保管发票”的罚则规定，税务机关可以处以1万元以下的税务行政罚款。
丢失增值税专用发票后，如何抵扣进项税？
《国家税务总局关于简化增值税发票领用和使用程序有关问题的公告》（国家税务总局公告2014年第19号）第三条简化丢失专用发票的处理流程规定，一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方可凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》或《丢失货物运输业增值税专用发票已报税证明单》（附件1、2，以下统称《证明单》），作为增值税进项税额的抵扣凭证；如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件进行认证，认证相符的可凭专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证。专用发票记账联复印件和《证明单》留存备查。
因此，增值税发票抵扣联和发票联丢失，应当向当地主管税务机关、公安机关报失后接受处罚，并登报上刊登“遗失声明”，然后凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件进行认证，取得销售方主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证。
小陈税务点评：
已开具增值税专用发票遗失处理
国家税务总局公告2014年第19号第三条的规定，一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方可凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》或《丢失货物运输业增值税专用发票已报税证明单》（以下统称《证明单》），作为增值税进项税额的抵扣凭证；如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件进行认证，认证相符的可凭专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证。专用发票记账联复印件和《证明单》留存备查。
1.一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证；
2.一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关同意后，可作为增值进项税额的抵扣凭证。
3.一般纳税人丢已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票联复印件留存备查。
4.一般纳税人丢已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前未认证的，可使用专用发票的发票联到主管机关认证，专用发票的发票联复印件留存备查。
5.一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联，可以将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查。