第十一条 申请使用发展专项资金的单位或者个人，根据国家年度专项资金申报指南，向所在地可再生能源归口管理部门（以下简称地方归口管理部门）和地方财政部门分别进行申报。
可再生能源开发利用的科学技术研究项目，需要申请国家资金扶持的，通过“863”、“973”等国家科技计划（基金）渠道申请；农村沼气等农业领域的可再生能源开发利用项目，现已有资金渠道的，通过现行渠道申请支持。上述两类项目，不得在发展专项资金中重复申请。
第十二条 地方归口管理部门负责会同同级地方财政部门逐级向国务院归口管理部门和国务院财政部门进行申报。
第十三条 国务院归口管理部门会同国务院财政部门，根据申报情况，委托相关机构对申报材料进行评估或者组织专家进行评审。
对使用发展专项资金进行重点支持的项目，凡符合招标条件的，须实行公开招标。招标工作由国务院归口管理部门会同国务院财政部门参照国家招投标管理的有关规定组织实施。
第十四条 根据专家评审意见、招标结果，国务院归口管理部门负责提出资金安排建议，报送国务院财政部门审批。
国务院财政部门根据可再生能源发展规划和发展专项资金年度预算安排额度审核、批复资金预算。
第十五条 各级财政部门按照规定程序办理发展专项资金划拨手续，及时、足额将专项资金拨付给项目承担单位或者个人。
第十六条 在执行过程中因特殊原因需要变更或者撤销的，项目承担单位或者个人按照申报程序报批。
第四章 财务管理
第十七条 发展专项资金的使用方式包括：无偿资助和贷款贴息。
（一）无偿资助方式。
无偿资助方式主要用于盈利性弱、公益性强的项目。除标准制订等需由国家全额资助外，项目承担单位或者个人须提供与无偿资助资金等额以上的自有配套资金。
（二）贷款贴息方式。
贷款贴息方式主要用于列入国家可再生能源产业发展指导目录、符合信贷条件的可再生能源开发利用项目。在银行贷款到位、项目承担单位或者个人已支付利息的前提下，才可以安排贴息资金。
贴息资金根据实际到位银行贷款、合同约定利息率以及实际支付利息数额确定，贴息年限为1-3年，年贴息率最高不超过3%。
第十八条 项目承担单位或者个人获得国家拨付的发展专项资金后，应当按国家有关规定进行财务处理。
第十九条 获得无偿资助的单位和个人，在以下范围内开支发展专项资金：
（一）人工费。
人工费是指直接从事项目工作人员的工资性费用。
项目工作人员所在单位有财政事业费拨款的，人工费由所在单位按照国家有关规定从事业费中足额支付给项目工作人员，并不得在项目经费中重复列支。
（二）设备费。
设备费是指购置项目实施所必需的专用设备、仪器等的费用。
设备费已由其他资金安排购置或者现有设备仪器能够满足项目工作需要的，不得在项目经费中重复列支。
（三）能源材料费。
能源材料费是指项目实施过程中直接耗用的原材料、燃料及动力、低值易耗品等支出。
（四）租赁费。
租赁费是指租赁项目实施所必需的场地、设备、仪器等的费用。
（五）鉴定验收费。
鉴定验收费是指项目实施过程中所必需的试验、鉴定、验收费用。
（六）项目实施过程中其他必要的费用支出。
以上各项费用，国家有开支标准的，按照国家有关规定执行。
第五章 考核与监督