对按上述规定已处理完毕的逾期未结关数据，海关又结关核销、收到正常结关数据的，出口企业可凭启运地海关签发的退税证明联重新申报退税，主管出口退税的税务机关依据正常结关数据按现行规定予以审核办理。
第十一条 各地税务机关应及时将复核结果反馈出口企业，并督促出口企业依照反馈信息补缴已（免）退税款或在次月增值税纳税申报期调整申报数据。出口企业未按时补缴已退（免）税款或调整申报数据的，各地税务机关应及时予以追缴。
第四章 其 他
第十二条 货物未运抵离境港不再实际出口的，出口企业应按照现行规定向税务机关申请出具《出口货物退运已补税（未退税）证明》，出口企业未申报退（免）税的，不得再申报退（免）税；已申报办理退（免）税的，应补缴已退（免）税款。税务机关在审核出具证明时，应审核比对海关提供的未到达数据和撤销报关单数据。
第十三条 实行增值税免税政策的出口货物，主管税务机关应按正常结关数据审核免税。
第十四条 各级税务机关应准确及时办理启运港退税，加强启运港退税有关业务的日常复核和预警评估工作。
第十五条 本办法自2012年8月1日起施行。
关于《发布启运港退（免）税管理办法的公告》的解读
2012年09月10日 国家税务总局办公厅
为贯彻国务院有关文件精神，落实财政部、海关总署、国家税务总局下发的《关于在上海试行启运港退税政策的通知》（财税〔2012〕14号），并结合近期《国家税务局发布的<出口货物劳务增值税和消费税管理办法>的公告》（2012年第24号），我们制定了《启运港退（免）税管理办法》（以下称《办法》），现将《办法》解读如下：
一、《办法》制定的目的
为支持上海发展现代服务业和先进制造业建设国际金融中心和国际航运中心，三部委联合发出在上海试行启运港退税政策，此政策是出口退税管理模式的一项创新。该政策的施行，对出口企业缩短转关取得单证时间、及时办理出口退税、加速企业资金周转，促进出口企业健康发展将发挥重要作用。
根据《关于在上海试行启运港退税政策的通知》要求，具体操作办法由海关总署和国家税务总局研究制定。据此，我局和海关总署多次研究操作细则，并在即方便出口企业，又严密管理，防范骗税的基础上，分别结合各自的信息化管理系统，制定了相应的管理办法和操作规程。为此，经两个部门又多次进行系统联调、模拟数据测试，以及我局模拟数据下发基层税务机关审核退税的测试等，截止到目前，税务系统已做好各项准备工作。目的就是将启运港政策落实到位。
二、《办法》的主要内容
该《办法》从出口企业退（免）税备案、申报、审核、复核、退运等环节明确了出口企业、税务机关的具体操作内容，具体如下：
（一）出口退（免）税备案。主要内容为适用启运港退税政策的企业必须满足的具体条件；明确：出口企业启运港在出口退税审核系统的备案是由系统根据海关电子信息自动完成的，没有增加企业负担。
（二）出口退（免）税申报。主要内容为适用启运港退税政策的企业申报退（免）税应注意的事项，即在申报表上加注标识，外贸企业单独申报，以方便管理。
（三）出口退（免）税审核。主要内容为税务机关接收四类启运港数据（启运数据、正常结关数据、未到达数据、撤销报关单数据），以及利用报关单数据进行审核、复核，以及追缴税款等。同时，也明确逾期未结关，不在享受运港退税政策。