税法规定，享受高新技术企业优惠税率的居民企业，其高新技术产品或服务收入占收入总额的比例需达到60%；享受西部大开发企业所得税优惠的企业，鼓励类项目主营业务收入占收入总额的比例需达到70%。当上述享受所得税优惠的居民企业投资于合伙企业时，如何计算上述收入比例存在争议，是按照居民企业的分配比例乘以合伙企业的收入总额并入收入总额，还是按照居民企业从合伙企业分配的所得并入收入总额，税法没有规定，出现政策*。
6合伙企业的扣缴义务问题
财税[2000]91号文件规定，个人合伙人应纳税额由合伙企业代为填报，但合伙企业并非法律意义上的扣缴义务人。当个人合伙人通过合伙企业对外投资取得“利息、股息、红利所得”时，根据现行个人所得税法规定，应由支付应纳税所得额的一方负责代扣代缴，而支付应纳税所得额的被投资企业并不掌握合伙企业的合伙人信息，因此，无法履行扣缴义务。在合伙企业无法定扣缴义务的情况下，个人取得的“利息、股息、红利所得”存在税款流失风险。
此外，合伙人所得税纳税义务发生时间与个人从合伙企业实际取得分配时间完全脱节，也给合伙人自行申报所得税带来困难。
02成因分析
合伙企业在出资方式、运营模式、责任承担等方面有着公司无法比拟的优势，但合伙企业与合伙人在税收上存在的上述问题，已在一定程度上影响了合伙制组织形式的运用。追根溯源，主要有以下原因：
1纳税主体与收入性质定位模糊
根据合伙企业“先分后税”的设计原理，合伙企业是会计主体，但不是所得税的纳税义务主体。对于合伙企业在收入分类、收入性质、税收优惠等方面的执行存在口径不统一，甚至自相矛盾。以税收优惠为例，财税[2017]38号文件规定，法人合伙人与个人合伙人通过有限合伙企业投资初创科技型企业，当满足一定条件时，法人合伙人与个人合伙人可以用投资额抵扣合伙企业分配的应纳税所得额。
这里合伙企业在税收上被视为透明体，可由合伙人穿透适用，但是，大部分情况下，合伙企业税收优惠不允许穿透适用，例如居民企业通过合伙企业对外投资取得的股息不能享受免税优惠，自然人通过合伙企业投资于上市公司取得的股息不能享受股息红利差别化税收待遇，导致纳税人通过合伙企业间接投资加重了税收负担。
2政策制定未与相关法律匹配
《中华人民共和国合伙企业法》于2006年修订并于2007年6月1日起施行。修订后的合伙企业法明确了法人可以作为合伙人，同时引入了有限合伙人的概念。有限合伙制将人合与资合有机统一的特点，得到风投、私募投资者的青睐，但税法并未将代表合伙人对外进行股权投资的合伙企业与专门从事生产经营的合伙企业相区分。
根据《合伙企业法》，普通合伙人与有限合伙人在合伙事务的执行、权利义务、责任承担等方面有着显著的区别，而在税收待遇上，目前尚未根据有限合伙人与普通合伙人的经济属性差异做区分。有限合伙源于“康曼达”，是资本与劳务的结合。LP不参与合伙企业的任何实质经营，不执行合伙事务，仅是财务投资者，其性质更类似于有限责任公司的股东，其因资本性投入取得的收益与“个体工商户的生产、经营所得”有质的区别。