由于上述两种收入征税方式的不同，使得合伙人在合伙企业亏损的情况下，依然需要就“利息、股息、红利所得”缴纳所得税。虽然该情形可以解释为个人所得税在分类税制下应就不同类型的所得分别纳税，但是该政策会引申出许多问题，例如：个人以定增或二级市场购买上市公司股票再转让免征个人所得税，而通过合伙企业定增或买卖股票，则需按5%-35%税率征收个人所得税。由此可见，直接投资与间接投资纳税义务截然不同，税负严重不公。
同样，当境外有限合伙人（QFLP）通过境内合伙企业投资标的公司并间接转让标的公司股权时，通常会将合伙企业认定为其在境内的常设机构，并就股权转让所得并入合伙企业生产经营所得按比例征收企业所得税，而QFLP直接投资境内标的公司并转让股权时，只需转让所得按10%缴纳预提所得税，税负迥异。
不仅如此，股息红利所得在“穿透”确认前提下还不能享受税收优惠。《企业所得税法》第二十六条及其实施条例第十七条、第八十三条规定的股息红利免税优惠限于直接投资情形，对于通过合伙企业间接投资的，不能享受免税优惠，导致已完税的股息红利再次缴纳企业所得税。个人所得税方面，《财政部、国家税务总局、证监会关于上市公司股息红利差别化个人所得税政策有关问题的通知》（财税[2015]101号）规定的持有上市公司及新三板股票取得股息红利差别化税收待遇只针对个人直接持有股票，对于个人通过合伙企业直接股票取得有股息红利是否适用存在很大争议。
一种观点认为，如果遵循国税函[2001]84号文件穿透的原理与规定，合伙企业相当于税收透明体，其存在与否均不影响自然人对于税收优惠的适用，因此可以适用差别化税收待遇。
另一种观点认为，在税法未明确规定个人通过合伙企业对外投资取得股息红利可以适用差别化税收待遇的情况下，不能类推适用此优惠。实务中，各地税务机关按后者执行居多，导致个人在直接投资与通过合伙企业间接投资之间存在较大的税负差异，重复征税问题突出。
3合伙企业从事债权投资的征税问题
与股息红利类似，自然人通过合伙企业放贷取得的利息收入由自然人按“利息、股息、红利所得”计算缴纳个人所得税，由于利息所得征收个人所得税时不得扣除融资成本，导致合伙企业以债务融资方式筹集资金对外进行债权投资时，出现利息收入由合伙人征税，而利息支出却在合伙企业扣除。这部分利息支出与合伙企业的生产经营无关，理论上不得冲减合伙企业的生产经营所得。对于一家专门从事债权投资的合伙企业，要求合伙人按照利息收入全额征收个人所得税，而利息支出却不能在税前扣除，显然是不合理的。
4合伙企业与合伙人之间交易公允性问题
合伙企业与合伙人之间的业务往来除投资关系外，还可能发生资产买卖、提供劳务、财产租赁、资金借贷、特许权许可等业务，对上述业务是否需视为关联方交易而按照独立交易原则确定收入和成本，并据此进行税务处理争议较大。与之相关的另一个问题是，合伙人以非货币性资产对合伙企业出资时，能否比照对自然人或公司制企业对外出资适用递延纳税政策有待进一步明确。
5适用税收优惠的法人合伙人收入总额口径问题