CDM项目实施企业可享受的企业所得税优惠政策主要包括两方面：
一是CDM项目实施企业上缴国家收入准予在税前全额扣除。温室气体减排量资源归中国政府所有，而由具体清洁发展机制项目产生的温室气体减排量归开发企业所有，因此，清洁发展机制项目因转让温室气体减排量所获得的收益归中国政府和实施项目的企业所有。《清洁发展机制项目运行管理办法》（国家发改委、科技部、外交部、财政部令第37号）明确了不同的CDM项目温室气体减排量转让额在国家和实施企业间的分配比例，财税〔2009〕30号文件第二条第一款规定，CDM项目实施企业按照上述比例上缴给国家的部分，准予在计算应纳税所得额时扣除。
二是CDM项目实施企业有关所得可享受“三免三减半”优惠政策。对按照规定比例上缴给国家温室气体减排量转让收入的HFC、PFC和N2O等CDM项目的实施企业，财税〔2009〕30号文件规定，企业实施该类CDM项目的所得，自项目取得第一笔减排量转让收入所属纳税年度起，第一年至第三年免征企业所得税，第四年至第六年减半征收企业所得税。享受该优惠政策的所得，是指企业实施CDM项目取得的温室气体减排量转让收入扣除上缴国家的部分，再扣除企业实施CDM项目发生的相关成本、费用后的净所得。
需要注意的是，企业应单独核算其享受优惠的CDM项目的所得，并合理分摊有关期间费用，没有单独核算的，不得享受上述企业所得税优惠政策。此外，我国在2005年已发生第一笔CDM交易，目前相关协议的有效期是2008年~2012年，而财税〔2009〕30号文件是从2007年1月1日起执行，因此，对清洁发展机制基金及清洁发展机制项目实施企业，应对2007年度的应纳税所得额按该文件规定进行调整。
CDM项目不涉及流转税
我国和发达国家CDM项目的合作领域涉及多种方式，如对城市生活垃圾进行卫生填埋、综合回收利用，或大规模植树造林、草原建设和管理，或使用水利、风能和太阳能发电等清洁能源。那么，我国企业在CDM项目合作中向国外企业或组织收取的款项，是否需要根据双方合作的不同项目，根据中国企业在该项目中提供劳务的形式征收流转税呢？对此，目前尚无明确的文件规定。但在现行政策下，我国企业在实施CDM项目中向国外企业或组织收取的款项并不涉及流转税。
第一，对于中国企业在CDM项目合作中向国外企业或组织收取的款项，不能按中国企业在该项目中提供劳务的形式征收流转税。在中外双方合作的CDM项目中，外国企业只是对合作的项目提供资金和技术支持，其向中国企业提供资金和技术，目的只是为了获得该项目所产生的温室气体减排量，而并不是为了获得中国企业从事该项目所提供的劳务。也就是说，外国企业并不是中国企业在所合作的CDM项目中提供劳务的接受者，因而对中国企业向外国企业收取的款项不能按销售应税劳务征收流转税。那么，是否应将外国企业或组织提供的资金作为企业提供上述劳务所收取的价外费用，并入其劳务销售额征收流转税呢？其实，无论是《增值税暂行条例》还是《营业税暂行条例》，其规定的应并入销售额征税的“价外费用”都是向购买者收取的，而不包括向购买者以外的单位或个人收取的款项。因此，对我国企业向外国企业或组织收取的资金，也不能作为提供流转税应税劳务所收取的“价外费用”，并入销售额征收流转税。
第二，对于中国企业在CDM项目中向外国企业收取的款项，也不能按“销售温室气体减排量”项目征收流转税。尽管从法律意义上讲，“温室气体减排量”在国际市场上已成为一种可以交易的商品，但根据我国现行流转税法规，并不能将其归为某种流转税的应税资产。根据《营业税税目注释》，属于营业税应税项目的“转让无形资产”，包括转让土地使用权、商标权、专利权、非专利技术、著作权、商誉，“温室气体减排量”显然并不属于这里的任何一种“无形资产”。而增值税中的货物，是指“有形动产”，“温室气体减排量”显然也不属于增值税的应税货物。因此，即使将中外企业CDM合作项目所产生的“温室气体减排量”作为一种资产，根据现行税法，对其征收流转税也是没有依据的。