国家税务总局关于修订〈增值税专用发票使用规定〉的通知》(国税发[2006]156号)、《国家税务总局关于印发〈增值税专用发票审核检查操作规程（试行）〉的通知》（国税发[2008]33号）、《国家税务总局关于失控增值税专用发票处理的批复》（国税函[2008]607号）和《国家税务总局关于逾期增值税扣税凭证抵扣问题的公告》（国家税务总局公告2011年第50号）等文件，进一步明确了以下几类特殊情形增值税专用发票经主管税务机关审核允许纳税人申报抵扣其进项税额：一是丢失已开具增值税专用发票，二是失控增值税专用发票，三是增值税专用发票稽核比对结果属于异常的增值税专用发票，四是逾期认证增值税专用发票。
比照允许抵扣增值税专用发票可办理出口退税，税务总局此前也已在相关出口退税管理文件《税务总局关于外贸企业丢失增值税专用发票抵扣联出口退税有关问题的通知》（国税函[2010]162号）和《国家税务总局关于销货方已经申报并缴纳税款的失控增值税专用发票办理出口退税问题的批复》（国税函[2008]1009号）对前两种特殊情况下企业丢失增值税专用发票、失控增值税专用发票可办理退税问题予以明确。考虑到目前出口退税管理文件对其他两类特殊情形增值税专用发票可办理退税情况也应予以明确，税务总局制定了《公告》。
二、《公告》的主要内容
一是明确了外贸企业可使用经税务机关审核允许纳税人抵扣其进项税额的增值税专用发票做为出口退税申报凭证向主管税务机关申报出口退税。
二是对外贸企业办理出口退税提供经税务机关审核允许纳税人抵扣其进项税额的增值税专用发票的具体申报要求予以明确。
三是考虑到《公告》中允许抵扣的增值税专用发票的允许抵扣资料为税务系统内部资料，要求各地税务机关审核外贸企业出口退税时要认真审核增值税专用发票并核对税务机关内部允许抵扣资料，在出口退税审核系统中比对增值税专用发票稽核比对信息、审核检查信息和协查信息，在增值税专用发票信息比对无误的情况下，按现行出口退税规定办理出口退税事宜。
四是规定本公告自2012年６月1日起施行。本公告施行前外贸企业取得的经税务机关审核允许纳税人抵扣其进项税额的增值税专用发票申报办理出口退税的，按照本公告规定和现行出口退税规定办理出口退税事宜。