旧版货运发票在非试点地区的使用时间暂延期一个月，即自2006年9月1日起，全国范围内统一启用新版货运发票。
（五）发票使用管理要求对于试点开票单位开具的带税控码的新版货运发票，在参加试点的三个省（市）进行抵扣时，参加试点省（市）内的国家税务局需使用部署的后台税控系统认证功能进行扫描认证，认证不通过的发票，不予抵扣增值税。带税控码的新版货运发票在其他省份抵扣时，暂沿用原增值税货运发票管理有关规定。旧版货运发票的抵扣管理仍沿用原增值税货运发票管理有关规定。
（六）试点中介机构和税务机关在代开新版运输发票时，必须严格按照“先缴税，后开票”的要求执行。
（七）试点地区的国家税务局应与地方税务局密切合作，积极开展本地区货运发票扫描认证工作，确保国税机关扫描认证部分的试点效果。