二是股权收购、资产收购的检查。被收购方是否及时足额确认股权、资产转让损益；收购方取得股权或资产的计税基础是否按以公允价值为基础确定。
三是业合并的检查。被合并企业及其股东是否按清算进行所得税处理；其亏损是否结转到合并企业弥补。合并企业是否按公允价值确定接受被合并企业各项资产和负债的计税基础。
四是企业分立的检查。被分立企业对分立出去的资产是否按公允价值确认资产转让损益；被分立企业继续存在的，其股东取得的对价是否视同被分立企业分配进行处理；被分立企业不再继续存在的，被分立企业及其股东都是否按清算进行所得税处理。分立企业应按公允价值确认接受资产的计税基础。企业分立相关企业的亏损是否相互结转弥补。
五是备案事项的检查。企业发生符合《财政部国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税 〔2009〕59 号）规定的特殊性重组条件并选择特殊性税务处理的，是否提交了书面备案材料。凡未按规定书面备案的，一律不得按特殊重组业务进行税务处理。
4. 资产持有期间增值减值的检查。
企业持有各项资产期间资产增值或者减值，除国务院财政、税务主管部门规定可以确认损益外，不得调整该资产的计税基础。
5. 境外投资抵免的检查。
一是企业定性的检查。检查主管税务机关对被查对象的居民企业、非居民企业身份的界定是否准确。特别是对依照外国（地区）法律成立但实际管理机构在中国境内的境外企业，要参照《国家税务总局关于境外注册中资控股企业依据实际管理机构标准认定为居民企业有关问题的通知》（国税发〔2009〕82 号）关于居民企业的判定标准的规定进行判别。
二是境外投资收益的检查。检查企业是否及时足额地申报了其境外投资收益。居民企业来源于中国境外的应税所得，居民企业从其直接或者间接控制的外国企业分得的来源于中国境外的股息、红利等权益性投资收益，非居民企业在中国境内设立机构、场所，取得发生在中国境外但与该机构、场所有实际联系的应税所得都应逐一核对。
三是抵免税额的检查。复核其抵免限额的计算是否准确，其申报的实际负担的境外税额是否真实、合法、有效。特别是对境外营业利润所得以及符合境外税额间接抵免条件的股息所得，虽有所得来源国（地区）政府机关核发的具有纳税性质的凭证或证明，但因客观原因无法真实、准确地确认应当缴纳并已经实际缴纳的境外所得税税额的，有无将属于上述规定以外的股息、利息、租金、特许权使用费、转让财产等投资性所得一并适用以其境外应税所得额的 12.5%作为抵免限额。
四是共同支出分摊的检查。在计算境外应纳税所得额时，企业为取得境内、外所得而在境内、境外发生的共同支出，与取得境外应税所得有关的、合理的部分，应在境内、境外〔分国（地区）别，下同〕应税所得之间，按照合理比例进行分摊后扣除。
五是境外亏损弥补的检查。在汇总计算境外应税所得额时，企业在境外同一国家（地区）设立不具有独立纳税地位的分支机构，按照企业所得税法及实施条例的有关规定计算的亏损，不得抵减其境内或他国（地区）的应纳税所得额，但可以用同一国家（地区）其他项目或以后年度的所得按规定弥补。
六是其他事项的检查。企业从境外取得营业利润所得以及符合境外税额间接抵免条件的股息所得，凡就该所得缴纳及间接负担的税额在所得来源国（地区）的法定税率且其实际有效税率明显高于我国的，可直接以按本通知规定计算的境外应纳税所得额和我国企业所得税法规定的税率计算的抵免限额作为可抵免的已在境外实际缴纳的企业所得税税额。
国税发[2012]17号 国家税务总局关于开展2012年税收专项检查工作的通知