实行“收支两条线”管理的基层医疗卫生机构，如有尚未确定应上缴或留用的医疗收费，应将相关款项从原账中的“其他应付款”等科目转入新账中的“待结算医疗款”科目；如有已确定上缴国库或财政专户的医疗收费，应将相关款项从原账中的“其他应付款”等科目转入新账中的“应缴款项”科目。
7.“预提费用”科目。
新制度未设置“预提费用”科目。转账时，应将原账中的“预提费用”科目的余额转入新账中的“事业基金”科目。
8.“长期借款”、“长期应付款”科目。
新制度未设置“长期借款”、“长期应付款”科目。转账时，如原账中的“长期借款”和“长期应付款”科目尚未结清，应在“其他应付款”科目下设置“长期借款”和“长期应付款”明细科目，并将原账中的“长期借款”、“长期应付款”科目的余额转入新账中的“其他应付款——长期借款”和“其他应付款——长期应付款”明细科目。“其他应付款——长期借款”和“其他应付款——长期应付款”明细科目待有关长期借款和长期应付款偿还后予以核销。
（三）净资产类。
1．“固定基金”科目。
新制度设置了“固定基金”科目，其核算内容与原制度相应科目有所不同。主要区别是：新制度下的“固定基金”科目的核算范围比原制度规定范围大，包括了固定资产占用、在建工程占用和无形资产占用。转账时，应将原账中的“固定基金”科目的余额转入新账中的“固定基金——固定资产占用”明细科目，并分别按照新账中的“在建工程”、“无形资产”科目余额，借记新账中的“事业基金”科目，贷记新账中的“固定基金——在建工程占用”、“固定基金——无形资产占用”科目。
2．“事业基金”、“结余分配”科目。
新制度设置了“事业基金”、“结余分配”科目，其核算内容与原制度“事业基金”、“结余分配”科目的核算内容基本相同。转账时，应将原账中的以上科目的余额直接转入新账中的相应科目。
3．“专用基金”科目。
新制度设置了“专用基金”科目，其核算内容与原制度相应科目有所不同。主要区别是：新制度下的“专用基金”科目的核算范围与原制度规定范围不同，原制度“专用基金”科目包括修购基金、职工福利基金、住房基金、留本基金等，新制度“专用基金”科目包括医疗风险基金、职工福利基金、奖励基金和其他专用基金。转账时，应将原账中“专用基金——职工福利基金”明细科目的余额转入新账中“专用基金——职工福利基金”明细科目，对于职工福利基金中含有职工福利费的，应将其余额分析结转入新账中的“其他应付款”科目；应将原账中“专用基金——修购基金”明细科目的余额转入新账中“事业基金”科目。按照地方有关规定需要继续提取或保留住房基金和留本基金的，应将原账中“专用基金——住房基金”、“专用基金——留本基金”明细科目的余额转入新账中“专用基金——其他专用基金”明细科目；按照地方有关规定不再继续提取或保留住房基金和留本基金的，应将原账中“专用基金——住房基金”、“专用基金——留本基金”明细科目的余额转入新账中“事业基金”明细科目。
4．“收支结余”科目。
新制度未设置“收支结余”科目，但设置了“本期结余”科目。转账时，应将原账中的“收支结余”科目的余额分析转入新账中的“本期结余”科目。
（四）收入支出类。
“财政补助收入”、“上级补助收入”、“医疗收入”、“药品收入”、“其他收入”、“医疗支出”、“药品支出”、“管理费用”、“财政专项支出”、“其他支出”科目。