2、省级商务主管部门应对“限上企业”用汇额、执行年限（原则上不超过企业建设期）、进口设备清单、适用产业政策条目、“自有资金”总额等进行初审，并在书面申请中明确初审意见。
3、商务部收到省级商务主管部门提出的书面申请后，在10个工作日内进行审核。对于符合国家法律规定的，由商务部出具“确认书”或"进口证明 "一式三份，并附加盖印章的进口设备清单，同时抄送海关总署和地方海关。不符合国家法律规定的，商务部出具书面意见，并说明理由。
4、“限上企业”在进口设备之前，凭“确认书”或“进口证明”和其他相关文件到企业所在地直属海关办理减免税备案手续。
（二）“限上企业”有关“确认书”的变更程序
1、商务部已经出具的“确认书”，在执行过程中确需变更投资总额、用汇额、执行年限等主要事项的，需由省级商务主管部门对变更内容及原因初审后，向商务部提出变更申请，并附以下材料：
（1）已出具“确认书”的原件，联合年检合格记录；
（2）调整事项的说明材料（附对照表）；
（3）验资报告复印件；
（4）商务部要求的其他材料。
2、商务部收到书面申请后，于5个工作日内进行审核。对于符合国家法律规定的，由商务部出具变更后的“确认书”一式三份，同时抄送海关总署和地方海关。不同意变更的，商务部出具书面意见，并说明理由。
3、“限上企业”凭“确认书”和其他相关文件到项目所在地直属海关办理相关变更手续。
（三）进口设备清单审核原则
外商投资企业进口设备清单原则上与“确认书”或“进口证明”同时出具，由商务部加盖进口设备专用章。“确认书”进口设备清单所列设备应是外商投资企业在投资总额内进口自用设备，按照合同随设备进口的技术及配套件、备件。“进口证明”进口设备清单所列设备应是国内不能生产或性能不能满足需要的自用设备及其配套的技术、配件、备件。
对于进口规模大，建设周期长，在出具“确认书”时无法确定全部进口设备的外商投资企业，可分批通过地方商务部门向商务部提出书面申请，由商务部分批确认并加盖进口设备专用章。
四、地方商务部门出具“确认书”和“进口证明”的办理程序
（一）省级商务主管部门负责地方商务部门批准的外商投资企业（以下简称“限下企业”）的“确认书”和“进口证明”的出具工作。
（二）省级商务主管部门参照本通知规定的程序办理“确认书”和“进口证明”。省级商务主管部门出具的“确认书”和“进口证明”，应于1个月内向商务部备案。
五、“确认书”和“进口证明”出具的有关原则：
（一）出具“确认书”需遵照以下原则：
1、未达产企业申请“确认书”，免税额度应为：投资总额（增资额）-基建投资额-国内设备及其他采购额-企业流动资金-中外方非现金出资（设备出资除外）。
2、外商投资企业经营范围既涉及鼓励类，也涉及允许类或限制类的，其“确认书”申请及所附进口设备清单应只包括用于鼓励类经营范围项下的进口自用设备，及按照合同随设备进口的技术及配套件、备件，允许类和限制类的经营范围项下进口设备不得列入申请和清单。