加强跨国税源管理，建立健全国际税源信息汇集和日常监控机制，对企业跨境交易、投资、承包工程、提供劳务和跨境支付等业务活动的应税所得加强管理，防范侵蚀我国税基和延迟纳税。建立健全企业所得税法与税收协定衔接机制，防范跨国企业滥用税收协定偷逃税。
2.收入管理
完善不同收入项目的确认原则和标准。依据企业有关凭证、文件和财务核算软件的电子数据，全面掌握企业经济合同、账款、资金结算、货物库存和销售等情况，核实企业应税收入。加强与相关部门的信息交换，及时掌握企业股权变动情况，保证股权转让所得税及时征缴入库。依据财政拨款、行政事业性收费、政府性基金专用票据，核实不征税收入。依据对外投资协议、合同、资金往来凭据和被投资企业股东大会、董事会关于税后利润分配决议，核实股息、红利等免税收入。对分年度确认的非货币性捐赠收入和债务重组收入、境外所得等特殊收入事项，实行分户分项目台账管理。
充分利用税控收款机等税控设备，逐步减少手工开具发票。利用税收综合征管系统，比对分析企业所得税收入与流转税及其他税种收入数据、上游企业大额收入与下游企业对应扣除数据等信息，准确核实企业收入。
3.税前扣除管理
分行业规范成本归集内容、扣除范围和标准。利用跨地区汇总纳税企业信息交换平台审核比对总分机构有关信息。严格查验原材料购进、流转、库存等环节的凭证。依据行业投入产出水平，重点核查与同行业投入产出水平偏离较大而又无合理解释的成本项目。
加强费用扣除项目管理，防止个人和家庭费用混同生产经营费用扣除。利用个人所得税和社会保险费征管、劳动用工合同等信息，比对分析工资支出扣除数额。加大大额业务招待费和大额会议费支出核实力度。对广告费和业务宣传费、长期股权投资损失、亏损弥补等跨年度扣除项目，实行台账管理。加强发票核实工作，不符合规定的发票不得作为税前扣除凭据。认真落实不征税收入所对应成本、费用不得税前扣除的规定。
规范财产损失税前扣除，明确税前扣除的条件、标准、需报送的证据材料和办理程序，并严格按规定审批。对企业自行申报扣除的财产转让损失、合理损耗、清理报废等损失，要严格审核证据材料，实行事后跟踪管理。要对大额财产损失实地核查。
4.关联交易管理
对企业所得税实际税负有差别或有盈有亏的关联企业，建立关联企业管理台账，对关联业务往来价格、费用标准等实行备案管理。拓宽关联交易管理信息来源渠道，充分利用国家宏观经济数据、行业协会价格和盈利等分析数据、国内外大型商业数据库数据等信息开展关联交易管理。加强关联交易行为调查，审核关联交易是否符合独立交易原则，防止企业利用关联方之间适用不同所得税政策以及不同盈亏情况而转移定价和不合理分摊费用。加强对跨省市大企业和企业集团关联交易管理，实行由税务总局牵头、上下联动、国税和地税互动的联合纳税评估和检查。
5.清算管理
加强与工商、国有资产管理等部门的相互配合，及时掌握企业清算信息。制定企业清算的所得税管理办法，规范企业清算所得纳税申报制度。加强企业清算后续管理，跟踪清算结束时尚未处置资产的变现情况。对清算企业按户建立注销档案，强化注销检查，到企业生产经营场所实地核查注销的真实性和清算所得计算的准确性。
（四）完善汇缴
汇算清缴是企业所得税管理的关键环节。要规范预缴申报，加强汇算清缴全程管理，发挥中介机构积极作用，不断提高企业所得税汇算清缴质量。
1.规范预缴申报
根据企业财务会计核算质量以及上一年度企业所得税预缴和汇算清缴实际情况，依法确定企业本年度企业所得税预缴期限和方法。对按照当年实际利润额预缴的企业，重点加强预缴申报情况的上下期比对；对按照上一年度应纳税所得额的平均额计算预缴的企业，重点提高申报率和入库率；对按照税务机关认可的其他方法预缴的企业，及时了解和掌握其生产经营情况，确保预缴申报正常进行。认真做好预缴税款催报催缴工作，依法处理逾期申报和逾期未申报行为。