减免税企业管理。加强企业优惠资格认定工作，与相关部门定期沟通、通报优惠资格认定情况。定期核查减免税企业的资格和条件，发现不符合优惠资格或者条件的企业，及时取消其减免税待遇。落实优惠政策适用范围、具体标准和条件、审批层次、审批环节、审批程序等规定，并实行集体审批制度。对享受优惠政策需要审批的企业实行台账管理，对不需要审批的企业实行跟踪管理。
异常申报企业管理。对存在连续三年以上亏损、长期微利微亏、跳跃性盈亏、减免税期满后由盈转亏或应纳税所得额异常变动等情况的企业，作为纳税评估、税务检查和跟踪分析监控的重点。
企业特殊事项管理。对企业合并、分立、改组改制、清算、股权转让、债务重组、资产评估增值以及接受非货币性资产捐赠等涉及企业所得税的特殊事项，制定并实施企业事先报告制度和税务机关跟踪管理制度。要专门研究企业特殊事项的特点和相关企业所得税政策，不断提高企业特殊事项的所得税管理水平。
4.非居民企业管理
强化非居民企业税务登记管理，及时掌握其在中国境内投资经营等活动，规范所得税申报和相关资料报送制度，建立分户档案、管理台账和基础数据库。
加强外国企业在中国境内设立常驻代表机构等分支机构管理、非居民企业预提所得税管理、非居民企业承包工程和提供劳务的管理、中国居民企业对外支付以及国际运输涉及企业所得税的管理，规范非居民企业适用税收协定的管理。
（二）优化服务
优化服务是企业所得税管理的基本要求。通过创新服务理念，突出服务重点，降低纳税成本，不断提高企业税法遵从度。
1.创新服务理念
按照建设服务型政府的要求，牢固树立征纳双方法律地位平等的理念，做到依法、公平、文明服务，促使企业自觉依法纳税，不断提高税法遵从度。结合企业所得税政策复杂、涉及面广和申报要求高等特点，探索创新服务方式。根据企业纳税信用等级和不同特点，分别提供有针对性内容的贴近式、全过程服务，不断丰富服务方式和手段。
2.突出服务重点
坚持依法行政，公平公正执法。在出台新税收政策、企业设立、预缴申报、汇算清缴、境外投资、改组改制和合并分立等重点环节，及时做好企业所得税政策宣传和辅导工作。提高“12366”纳税服务热线工作人员素质，及时更新企业所得税知识库，通过在线答疑、建立咨询库等形式，为企业提供高质量咨询解答服务。加强税务部门网站建设，全面实施企业所得税政务公开。通过各种途径和方式，及时听取企业对有关政策和管理的意见建议。加强国际税收合作与交流，制定发布企业境外投资税收服务指南，为“走出去”企业提供优质服务。严格执行保密管理规定，依法为企业保守商业秘密。
3.降低纳税成本
针对各类纳税人、各类涉税事项，健全和完善各项工作流程、操作指南，方便纳税人办理涉税事宜。提高税收综合征管信息在企业所得税征管中的应用效率，避免重复采集涉税信息。减少企业所得税审批事项，简化审批手续，提高审批效率。逐步实现企业财务数据采集信息化。对纳税信用**的企业，在企业所得税征管中给予更多便利。
（三）核实税基
核实税基是企业所得税管理的核心工作。要加强税源基础管理，综合运用审批、备案、综合比对等方法，夯实企业所得税税前扣除、关联交易和企业清算管理工作，确保税基完整和准确。
1.税源基础管理
通过企业办理设立、变更、注销、外出经营等事项的税务登记，及时掌握企业总机构、境内外分支机构、境内外投资、关联关系等相关信息。加强纳税人认定工作，正确判定法人企业和非法人企业、居民企业和非居民企业、独立纳税企业和汇总（合并）纳税企业、正常纳税企业和减免税企业。加强国税和地税部门之间、与相关部门之间的协调配合，全面掌握户籍信息。充分发挥税收管理员职能作用，实行税源静态信息采集与动态情况调查相结合。强化企业所得税收入分析工作，及时掌握税源和收入变化动态。引导企业建立健全财务会计核算制度，实行会计核算制度和方法备案管理。