地方人民政府管理海域以外以及跨省（自治区、直辖市）管理海域的项目用海缴纳的海域使用金，由国家海洋局负责征收，就地全额缴入中央国库。缴库时填写一份“一般缴款书”，填列《2007年政府收支分类科目》103070101目“中央海域使用金收入”科目，“财政机关”填写“财政部”，“预算级次”填写“中央级”，“收款国库”填写实际收纳款项的国库名称。
养殖用海缴纳的海域使用金，由市、县海洋行政主管部门负责征收，就地全额缴入同级地方国库。缴库时填写一份“一般缴款书”，填列《2007年政府收支分类科目》103070102目“地方海域使用金收入”科目，“财政机关”填写相应级次财政部门，“预算级次”填写“地方级”，“收款国库”填写实际收纳款项的国库名称。
除上述两类以外的其他用海项目缴纳的海域使用金，由有关海洋行政主管部门负责征收，30%缴入中央国库，70%缴入用海项目所在地的省级地方国库。30%缴入中央国库时，填写一份“一般缴款书”，填列《2007年政府收支分类科目》103070101目“中央海域使用金收入”科目，“财政机关”填写“财政部”，“预算级次”填写“中央级”，“收款国库”填写实际收纳款项的国库名称；70%缴入地方国库时，填写一份“一般缴款书”，填列《2007年政府收支分类科目》103070102目“地方海域使用金收入”科目，“财政机关”填写相应级次财政部门，“预算级次”填写“地方级”，“收款国库”填写实际收纳款项的国库名称。地方分成的海域使用金在省级和市、县级之间的分配比例，按照沿海各省、自治区、直辖市及计划单列市人民政府的规定执行。
已经实施非税收入收缴管理制度改革的，海域使用金的缴库方式，按照非税收入收缴管理制度改革的有关规定执行。