七、出口企业申报退税的商品代码与海关电子数据的商品代码不一致的，退税部门应进行认证。属于同类商品（即与海关商品代码前四位相同）且申报的退税率小于或等于电子数据商品的退税率时，可以办理退税；属于不同类商品要重点落实无误后，方可办理退税。
八、凡申报退税的出口货物的数量与海关电子数据的数量相比，误差超过2%的，退税部门须查明原因，核实无误后，方可办理退税。
九、退税部门在审核出口退税时，须将企业申报的有关凭证与专用税票电子数据进行核对，如属于电子数据的问题，须按下列方法处理。
（一）对本地上报的本地区出口企业专用税票数据，发现错误或遗漏的，应由本地税务部门进行修正后，给予办理退税，同时将修正后的数据于次月上报总局；
（二）对其他地区上报的本地区出口企业专用税票数据，发现错误或遗漏的，应由本地税务机关及时上报。待接到国家税务总局修改的电子数据并与其核对无误后，方可办理退税。
十、退税部门年初须将分部门核算的出口企业的部门代码录入计算机，在本退税年度内不能变更；对出口企业要求追加部门代码，退税部门须予以确认并及时追加新的部门代码。
十一、出口商品税率库税率的设置、修改、调整原则上由国家税务总局负责。对国家税务总局临时调整征税率后，退税率按规定须作变动的，经省级进出口税收管理处（分局）领导批准后，由系统维护人员及时调整退税率。
十二、出口企业经退税部门批准增加的商品扩展码，在本年内不能更改。增加的商品扩展码适用于出口企业的各部门。退税部门在批准增加商品扩展码时，须对商品的计量单位进行一致性检测，对已做过扩展的商品代码，不允许再加商品扩展码。
十三、出口货物恢复使用专用税票管理后，退税部门应将专用税票作为进货凭证并将其中的有关内容录入计算机。出口企业在申报退税时，增值税专用发票抵扣联应与对应的专用税票装订成册上报退税部门。