(六)“免、抵”税款调库问题。
老外商投资企业实行“免、抵、退”税办法后，对其“免、抵”的税款，按照财政部、国家税务总局、中国人民银行《关于实行“免、抵、退”税办法有关预算管理问题的通知》(财预字[1998]242号)进行调库处理。
三、关于出口货物退(免)税管理问题
(一)老外商投资企业应按照国家税务总局国税发[1994]031号文件的规定，持工商营业执照等有关资料在1999年底前向主管退税的税务机关办理退税登记手续。未办理退税登记手续的企业一律不予办理出口货物的退(免)税。
老外商投资企业如发生撤并、变更情况，应于批准撤并、变更之日起30日内向主管退税的税务机关办理注销或变更退税登记手续。
(二)老外商投资企业应设专职或兼职办理出口退税人员(以下简称办税员)，经主管退税的税务机关培训考试合格后发给《办税员证》。没有《办税员证》的人员不得办理出口退税业务。企业更换办税员，应及时通过主管税务机关注销原《办税员证》。凡未及时通知的，原办税员在被更换后与税务机关发生的一切退税活动和责任仍由企业负责。
(三)老外商投资企业出口退(免)税的日常管理，如办证、检查、清算及资料的审核、保管等工作，由各地国家税务局涉外税收管理机关具体负责。涉外税收管理机关负责按月接收“免、抵、退”企业退(免)税预申报及“先征后退”企业纳税申报和退税申报，并审核办理免、抵、退税及应纳税额或将未抵扣完的进项税额结转下期继续抵扣的手续。进出口税收管理机关负责按季接收“免、抵、退”企业退(免)税汇总申报及按月接收“先征后退”企业退税申报，并审核审批免、抵及退税额，通知征税机关调整免、抵税额，办理退税手续。
(四)老外商投资企业出口退(免)税，实行计算机管理，具体按照《国家税务总局关于印发<出口退税电子化管理办法>的通知》(国税发[1996]79号)执行。
四、关于出口货物清理问题
(一)各地要对实行退(免)税办法的老外商投资企业1999年11月1日前出口的货物进行清理。企业1999年11月1日前报关离境，1999年11月1日后在财务上作销售的出口货物，仍按出口免税办法执行。
(二)对1999年11月1日前购进，目前尚未核销的进口料件，老外商投资企业应持海关核发的《进料加工登记手册》等有关凭证，到其主管退税机关补申请开具《进料加工贸易申请表》。