采用“实耗法”的，《生产企业进料加工贸易免税证明》按当期全部（包括单证不齐全部分）进料加工贸易方式出口货物所耗用的进口料件组成计税价格计算出具；采用“购进法”的《生产企业进料加工贸易免税证明》按当期全部购进的进口料件组成计税价格计算出具。
3.进料加工业务的核销。生产企业《进料加工登记手册》最后一笔出口业务在海关核销之后、《进料加工登记手册》被海关收缴之前，持手册原件及《生产企业进料加工海关登记手册核销申请表》到退税部门办理进料加工业务核销手续。退税部门根据进口料件和出口货物的实际发生情况出具《进料加工登记手册》核销后的《生产企业进料加工贸易免税证明》，与当期出具的《生产企业进料加工贸易免税证明》一并参与计算。
（二）其他“免、抵、退”税单证办理。
1.《补办出口货物报关单证明》。生产企业遗失出口货物报关单（出口退税专用）需向海关申请补办的，可在出口之日起六个月内凭主管退税部门出具的《补办出口报关单证明》，向海关申请补办。
生产企业在向主管退税部门申请出具《补办出口货物报关单证明》时，应提交下列凭证资料：
（1）《关于申请出具（补办出口货物报关单证明）的报告》；
（2）出口货物报关单（其他未丢失的联次）；
（3）出口收汇核销单（出口退税专用）；
（4）出口发票；
（5）主管退税部门要求提供的其他资料。
2.《补办出口收汇核销单证明》。生产企业遗失出口收汇核销单（出口退税专用）需向主管外汇管理局申请补办的，可凭主管退税部门出具的《补办出口收汇核销单证明》，向外汇管理局提出补办申请。
生产企业向退税部门申请出具《补办出口收汇核销单证明》时，应提交下列资料：
（1）《关于申请出具（补办出口收汇核销单证明）的报告》；
（2）出口货物报关单（出口退税专用）；
（3）出口发票；
（4）主管退税部门要求提供的其他资料。
3.《代理出口未退税证明》。委托方（生产企业）遗失受托方（外贸企业）主管退税部门出具的《代理出口货物证明》需申请补办的，应由委托方先向其主管退税部门申请出具《代理出口未退税证明》。
委托方（生产企业）在向其主管退税部门申请办理《代理出口未退税证明》时，应提交下列凭证资料：
（1）《关于申请出具（代理出口未退税证明）的报告》；
（2）受托方主管退税部门已加盖“已办代理出口货物证明”戳记的出口货物报关单（出口退税专用）；
（3）出口收汇核销单（出口退税专用）；
（4）代理出口协议（合同）副本及复印件；
（5）主管退税部门要求提供的其他资料。
4.《出口货物退运已办结税务证明》。生产企业在出口货物报关离境、因故发生退运、且海关已签发出口货物报关单（出口退税专用）的，须凭其主管退税部门出具的《出口货物退运已办结税务证明》，向海关申请办理退运手续。
本年度出口货物发生退运的，可在下期用红字（或负数）冲减出口销售收入进行调整（或年终清算时调整）；以前年度出口货物发生退运的，应补缴原免抵退税款，应补税额＝退运货物出口离岸价×外汇人民币牌价×出口货物退税率，补税预算科目为“出口货物退增值税”。若退运货物由于单证不齐等原因已视同内销货物征税的，则不须补缴税款。
生产企业向主管退税部门申请办理《出口货物退运已办结税务证明》时，应提交下列资料：
（1）《关于申请出具（出口货物退运已办结税务证明）的报告》；
（2）出口货物报关单（出口退税专用）；
（3）出口收汇核销单（出口退税专用）；
（4）出口发票；
（5）主管退税部门要求提供的其他资料。
五、生产企业“免、抵、退”税审核、审批
（一）审核审批程序
退税部门每月15日前受理生产企业上月的“免、抵、退”税申报后，应于月底前审核完毕并报送地、市级退税机关或省级退税机关（以下简称退税机关）审批。
退税机关按规定审批后，应及时将审批结果反馈退税部门。对需要办理退税的，由退税机关在国家下达的出口退税指标内开具《收入退还书》并办理退库手续；对需要免抵调库的，由退税机关在国家下达的出口退税指标内出具《生产企业出口货物免、抵、退税审批通知单》（见附件七）给征税机关，同时抄送财政部驻各地财政监察员办事处。退税机关应于每月10日前将上月“免、抵、退”税情况在与计会部门及国库对账的基础上汇总统计上报国家税务总局。