陈越回京升任大总统，可他这个大总统却并没有办公地点。按道理说，大总统职同于内阁首辅，可陈越却并不愿在内阁办公，内阁在宫内不说，办公地点逼隘之极。
虽然朝廷承诺，会在洪武门西建设大总统府，不过尚需要一段时间，在大总统府建好之前，陈越便只能在自己的齐王府办公。
齐王府便是原来的魏国公府，经过魏国公徐家二百多年经营，山石亭林，可以说一步一景，事实上是一座风景秀丽的园林，用作居住还可以，根本不适宜做大总统府这种朝廷最高机构。不过没办法，暂时迁就着吧。
离开皇宫之后回到齐王府，吴婉儿寇白门等人早已翘首以待，一别经年，见面之后自然有说不出恩爱和话语，这里就不再赘述。
陈越回京的第三日，崇祯举行大朝会，京城四品以上的高官俱参加朝会。
在朝堂上，陈越这个大总统正式宣誓就职，从崇祯手里接过大总统的印玺。
崇祯当朝下旨，取消内阁，以后的政事皆有大总统府处置。陈越担任大总统，史可法、路振飞、钱谦益出任副总统。
按照事先商议，崇祯同时宣布，大总统府下设立政务院、都察院、大都督府，分掌政务、监察、军务。
原来的六部暂归政务院管理，由路振飞担任政务院掌院。锦衣卫和御史台归都察院管理，掌握纠察民情、谏言弹劾、监督官员等等，由史可法担任都察院掌院。
大都督府则管理全国兵马，武将任职、升迁、奖惩，兵马调动，出兵剿匪，军备制作等等，相当于把兵部的部分职责也合并在其中。由大总统陈越兼任大都督，杨正平和常延龄充任左右都督。
政务院、监察院掌院、大都督平级，并称为三相，史可法为人正直，却在权变上稍差，便由他担任都察院掌院，手掌全国监察大权，位置也极为重要。至于大都督，手掌全国兵权，这个职位也只能陈越自己兼着。
大总统是新设立的职位，自然要涉及到官制的变革，这些都是应有之意，而这次变动对朝臣们的影响并没有多大。而其中最大的变动便是把锦衣卫纳入都察院，从此锦衣卫归属朝廷编制，不再是皇帝私人鹰犬，这更是群臣们喜闻乐见的。
然后崇祯又下旨取消每日大朝，官员们不用每日一早便入宫朝会。
各个衙门各司其职，遇到大事可上书大总统府，由大总统召集相关人等商议解决，若是大总统也无法解决，再上疏皇帝，由皇帝决定。
这道命令等于把权力从皇帝手中剥夺开来，相当于皇帝让出了大部分权力，不过从设立大总统职位之时，所有人都知道，这便是应有之义。
陈越之所以坚持如此，是觉得大朝会全无任何意义，每逢大朝，都是无止休的争吵，一件事情，不管是什么衙门的官员都参与叫嚣，简直没有任何必要。专门的事情专门人负责，大家只要各司其职就行，这样反而事情便得更容易。大明之所以落到现在这幅境地，很大的原因就是扯皮太多，无休止的党争太多，陈越决定从源头加以制止。
而陈越正式就任大总统之后，并没有急着进行改革，因为他首先要解决的是各地的叛乱问题。
现在大明远远没有到达和平状态，顺贼被赶到了西宁甘肃两州，西贼则叛军在四川，而福建沿海，郑森占据了南澳厦门金门等岛屿，悍然打出了奉天靖难的旗号，矛头直接对准了陈越自己。
在这一切都未解决之前，根本没有进行变革的环境，不宜操之过急。
陈越以大总统的身份下令，任命余枫平西大将军，负责平定陕西顺贼之乱。三处叛军之中，陕西的顺贼是最容易解决的，因为在余枫手有着十万强军，以陈越嫡系的北伐军为中坚。
陈越下令，任命李奕为平贼大将军，全面负责剿灭四川的西贼余孽。陈越拨给李奕一万嫡系为中坚，再调江西兵五万，湖广兵五万，再加上在四川和西贼对恃的数部明军，总兵力接近二十万，剿灭西贼当无问题。
陈越同时下令，以王寅为东南督师，统率东南兵马负责剿灭郑森叛军。王寅手中掌握着大明最精锐的水师，其中西夷夹板盖伦船二十多艘，三桅福船一百多艘，实力无比强大。
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