镇抚司，自然是负责军纪，镇压军中贪腐之军官，负责军中秩序，战时负责督战，战斗中记录将士的战功。在明军中就有镇抚这样的职位，按照余枫林的筹划，在都督府有镇抚司，各营中也设有镇抚官，而各营的镇抚官受镇抚司直领，对镇抚官的工作，各营主将无权过问，更无权任命镇抚。
军械司负责军中所有武器军械之补充。新成立一支军队，不是招募几万士兵就可，要给他们配备铠甲武器。新成立的军队士兵个人战斗力不如敌军，经验不如敌军，各方面比八旗兵这样的军队都相去甚远，如何能守住江淮，只有在装备上下功夫。
虽然说士兵的装备要由朝廷负责兵部补充，可以兵部的效率兵部官员的贪腐程度，陈越根本就不敢指望兵部提供的武器铠甲。要负责武器的打造、修缮、保养，下面会设弓弩司、火铳司、火炮司、甲衣司等各个分司，计划征调南京有名的工匠填充军械司，在扬州直接开始工坊打造各种兵器。当然在平南军中，原来就设有将作营，也有几十位工匠，能制作一些军械，不过靠他们为数万大军提供军备，则远远不够。
一支庞大的军队事务极其繁杂，要想让士兵们安心训练打仗，自然要做好一切后勤工作，粮食蔬菜的补给，膳食的制作，营房的搭建，辎重的管理等等。当然，在每个营中，都会有一定数量的辎重兵，专门负责这些工作，不过各营物质的调配，则由后勤司负总责。
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