朝廷的第二件大事自然是处理福王之乱善后事宜，福王被抓，一众从犯相继落网，是时候给这次叛乱画个句号。
内阁经过商议奏请崇祯同意，决定由刑部、大理寺、都察院三个部门共同审理福王叛乱之事，锦衣卫衙门负责监督协助。盖因福王之乱影响极大，审理的规格极高。
其实福王之乱事情极为简单，处置起来也不复杂，福王以莫逆之罪无可辩驳，按照宁王之乱先例，福王朱由崧处死，除福王之藩。
福王之乱主谋马士英已经自尽，其家人男的发配军前效力，女的发教坊司为奴。主谋太监卢九德，除以凌迟刑法。
忻城伯赵之龙、诚意伯刘孔昭，参与叛乱之举，均处死，抄没家产。
然而在魏国公徐久爵以及其他勋贵的处理上，审案人员发生了极大分歧。
右都御史李沾坚持认为徐久爵并未参与福王之乱，平南侯对徐久爵的处置有失公允，应该宣判徐久爵无罪。
刑部尚书吕大器却认为徐久爵在福王登基之时选择了服从，也许其是迫于福王的兵威，但为人臣子者不能效忠君王屈从叛逆，本身就是背叛，再加上徐久爵在平南军攻城时，响应福王号召出钱招募了一些乡兵，所以其并非无辜。
在福王登基之时，吕大器是少数没有选择屈从之人，所以有底气说这话，但是在其他官员看来，若是因为屈服就被定罪，那朝廷大部分官员都有罪了，若是选择了处置徐久爵，他日也可能以同样的理由处置自己。所以大理寺和都察院的官员都极力反对处置徐久爵。
双方发生了极大的分歧，审案陷入了僵持。
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