可是南京的大部分官员却反对福王登基，因为历史的原因，南京六部的官员大部分是从北京贬谪而来，大部分都是在崇祯朝失势的东林党人。比如兵部侍郎吕大器、户部尚书高鸿图、右都御史张慎言，詹事府詹事姜曰广等，而在籍的原礼部侍郎钱谦益则是东林党的党魁。
钱谦益两次从老家常熟赶往南京，面见史可法，强烈反对福王登基。原因是朱由菘的祖母是备受神宗宠爱的郑贵妃，神宗喜欢郑贵妃的儿子老福王朱常洵，多次打算废掉崇祯父亲光宗朱常洛的太子之位，改立老福王朱常洵为太子。
围绕着储君之争，东林党人和万历以及郑贵妃进行了多达几十年的争斗，“妖书”、“梃击”、“移宫”一系列的事件发生。经历了东林党人坚持不懈的斗争，神宗和郑贵妃希望立福王朱常洵为太子的图谋才化为泡影。
所以，东林党和福王一系是有深仇大恨的，钱谦益等人害怕福王朱由菘登基之后，会对东林党进行报复。
而史可法本身也是东林党一员，他是东林党重要成员左光斗的弟子，和东林党有千丝万缕的联系，从心理上也对拥立福王有所顾忌。
钱谦益以“立贤”为名，到处游说，提议迎立潞王朱常淓。但是史可法心里，却还是认为应该按伦序立神宗的儿子。朱常淓是神宗的侄子，在血统上偏远，史可法担心舍亲立疏会引起更大的风波。
然而南京群臣大都支持钱谦益，群起而立潞王。无奈之下，史可法暗自决定前往浦口同凤阳总督马士英商量在桂王和福王之中选立一个。因为马士英是凤阳总督，江北的军队如高杰黄得功刘良佐等部都受他的节制，权势颇大。
而对马士英来说，这也是一个千载难逢的机会，参与了拥立，立有拥立之功，以后他将是史可法之下第二人，入阁拜相不在话下。
史可法和马士英密商的结果是，以亲以贤，惟桂乃可。福王和桂王都是神宗的子孙，而福王人品能力比不上桂王，所以立桂王最为合适。至于神宗的另一个儿子惠王朱常润迷信佛教，不懂世事，不再考虑之列。
二人商议之后，由史可法给南京群臣写信，邀请他们到浦口议事，共同做出迎立桂王登基的决定。按说，这个折中方案，既迎合了东林党人不愿立福王的心思，又保证了由神宗的儿子登基，可以说照顾到了方方面面的需求。但是南京的东林党人非常的傲娇，他们认为马士英不过是一个地方督抚，无权召开朝议，拒绝来浦口议事。事实上东林党人是想把马士英排挤出拥立皇帝的阵列，为的是将来权力之争。
被南京群臣鄙视之后，马士英无可奈何，只能灰溜溜返回凤阳。
然而让马士英意想不到的是，就在他往浦口见史可法的时候，他的老窝凤阳发生了大变。事情的起因是凤阳镇守太监卢九德，镇守太监是总督之下第二号人物，位高权重。关键是卢九德曾经侍候过老福王朱常洵，和福王朱由菘关系密切。
眼看着帝位即将旁落，福王朱由菘自然不会甘心，秘密联系了卢九德，然后由卢九德出面，说服高杰刘良佐黄得功等将。
在江北四镇中，刘泽清早早的表态，支持东林党人。高杰刘良佐和黄得功则无所谓，按照大明文贵武贱的传统，谁当皇帝根本轮不到他们做主。可是卢九德代表福王而来，轻易的就说服他们，同意一起拥立福王。对高杰等人来说，立有拥立之功将会使他们地位剧增，福王登基之后必然会犒赏他们，封赏爵位不在话下，从此他们将从普通的总兵上升到一镇军阀。
马士英回到凤阳之后，震惊的发现卢九德已经说服了高杰等人，高杰和刘良佐甚至带着军队到了凤阳。眼看着手下大将全部自行投向福王，马士英知道若是自己再坚持和史可法的协议的话，就会被手下架空、被淘汰，权力的欲望使得他顾不得什么信义，立刻向福王表态宣誓效忠。
而对于福王来说，支持他的势力有武将（高杰、刘良佐、黄得功），有太监（卢九德），恰好缺一个文官重臣，于是非常高兴的接纳了马士英。
而此刻，史可法却还蒙在鼓里，他还给马士英写信，说福王“贪、淫，酗酒，不孝，虐下，不读书，干预有司”七不可立的理由。
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