一切步入正规之后，陈越便开始了整训军队。通过和王寅、袁可立等的商议，决定把西山军进行微调整编。整编为左右两个哨，分别由杨正平、铁狮子任哨千总。每哨下面设三个百人队，以及一个直属千总的总旗，共人数六百余人。杨平的左哨，由陈平、李奕、萧冰为把总，徐青田、王猛、李刀子等为总旗官，小旗官都是最早跟着陈越的那些少年家丁以及军中敢战士以上精锐担任。铁狮子的右哨则由陈默金鑫、陆大有为把总，铁狮子加入西山军时的五十余老部下也都安排在右哨之中。左右两哨共一千二百军队都是以车兵为主，配以长枪火铳阵。
每个哨的基本建制为小旗，每个小旗十五人，配备一辆战车，十五人中小旗官一名，伍长两个，分别管着四个士兵。十五人中，除了小旗官外，有三个火铳兵，三个刀盾兵，一个弩弓手，和三个长枪兵，一个负责驾驭战车的驭手，以及两个火炮兵，负责发射撞在战车上的虎蹲炮，最后是一个伙夫。当然眼下军中虎蹲炮较少，火炮兵也只是名义上存在。由于历次大战，从满鞑兵手中缴获了大量的铠甲武器火器，这一千五百军队的装备还是非常齐全，水平在大多数明军之上。小旗以上的军官都有铠甲，普通士兵都有半身甲或者皮甲，最不济的也有鸳鸯战袄。
剩下的三百人，抽调一百骑术精湛的为夜不收骑兵，历次缴获的战马由二百余匹，足以使这一百骑兵一人双骑。每个骑兵配备一支三眼火铳，一副手弩，一把长刀，一副半身甲，可谓装备精良。由卫阳担任骑兵把总，刘能副之，分统一个总旗五十名骑兵。
再剩下的两百人，都是陈越的亲卫，正在京师老家养伤未回的陈岩为亲卫把总，其他如余枫、林福成，马闯、李玉林等，都为总旗小旗官。亲卫的武器只有两种，火铳和长枪，以及每人一匹战马，这支军队是陈越手中的预备队，肩负着战斗时攻坚的任务。
每日里，除了在城墙上轮值的军队以外，其他官兵都在各自将领的带领下，开始进行严厉的训练。
除了这一千五百建制军队以外，陈越又另外成立了军械司，负责西山军火器军械战车等的制作工作。以李雄为军械司主事，京中名匠刘贺的儿子刘三副之，二人都是千户衔。军械司以下，设立火药司，火铳司，战车司，火炮司，四个分部。李雄兼任火药司的管事，负责全军火药及神火飞鸦、飞天神龙、万人敌等火器的配制制作工作。刘三兼任火铳司管事，带领从京营匠户中招募来的三十多个铁匠，负责打制火铳，现在全军火铳只有三百余支，还不到军队的四分之一，数量实在太少，陈越准备每个小旗十五人中最少有六个火铳手，所以需要的火铳还很多。战车司管事有木匠鲁三友担任，副千户衔，带领着营中二十余个木匠，负责战车的制作与维修，拒马木盾等和木器有关的工作。火炮司的管事是汤若望的养子潘学忠，也当着副千户的官职，负责火炮的铸造，不过目前他还是光杆司令，陈越打算拨给他一些铁匠以及后勤官兵，辅助他铸造大炮。造炮需要大量的钢铁煤炭，更需要搭建高炉，煤炭容易，派人回西山传个口信，自然会有大量的精制煤炭运来，至于钢铁，除了采矿，就只能从商人哪里采购。陈越向范天宇下了订单，以一斤铁二分五厘的价格大量采购精铁，这个价格是市场价格的两倍，不过精铁这种军事物资，也只有晋商才能大量采购。
军械司成立后，就在河谷的高地上，建立了各自的营房，各个工匠们开始了紧张的工作，陈越给他们的待遇很高，只要是技艺精湛的大匠，一律享受百户的待遇，每月有饷银三两五钱，光这五六十个工匠，每月的饷银就近两千两，陈越自然不会让他们闲着。早在从京师出发的时候，陈越就向选择回西山的乡兵约定了运送煤铁，在西山除了大量的煤矿以外，还有几个小型的铁矿甚至金矿，不过产量非常的低，年产量也只有数万斤，产的铁主要供应京营。不过既然陈越需要，西山的铁矿挤也会挤出一些来。不过随着以后由朝廷派员掌控西山，煤矿和铁矿肯定会落到勋贵太监以及文官们的手中，再想弄铁就不那么容易，所以只能从晋商手中采购。
进入了六月以后，先后从西山运过来三四千斤生铁，以及十数万斤的煤，工匠们已经能够正常的开工。
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