据记载，1665年夏天的两个月间，仅伦敦死于鼠疫的人数就达到了五万，即使是乡村，有些地方活着的人都来不及埋葬死者。因为伦敦流行的那场可怕的鼠疫，剑桥大学放假了，并且一放就是两年。二十三岁的牛顿回到了自己的村庄伍尔斯托帕，那是在剑桥郡北面的林肯郡。牛顿在故乡安静地度过了1665年和1666年，这使他有足够的时间进行独立思考。牛顿开始了数学、力学和光学上的一系列伟大发现，他获得了解决微积分问题的一般方法，观察到太阳光的光谱分解，并提出了力学上的重要定律。假如法国哲学家伏尔泰的描述正确的话，牛顿是在自己农庄的果园里，看见一只苹果坠落时发现了万有引力定律。多年以后，牛顿故乡的一棵苹果树被移植到剑桥三一学院的门外，供游人瞻仰。
在牛顿的同母异父妹妹的后裔保存下来的一份牛顿手稿里，有这样一段描述：……这一切都是在1665与1666两个瘟疫年份发生的事，在那些日子里，我正处于创造的旺盛时期，我对于数学和哲学，比以后任何年代都更为用心。
两年以后，牛顿回到剑桥，顺利取得了硕士学位，并被选为三一学院的研究员。两年以后，他的导师巴罗主动让贤，年仅二十七岁的牛顿担任了著名的卢卡斯讲座教授。
1701年，牛顿迁居伦敦，在以后的二十七年时间里，他没有做任何科学研究，把时间奉献给了自己缺乏创造力的神学研究。按照女王伊丽莎白一世对三一学院院士所要求的那样，牛顿终生未婚。事实上，他与女性接触很少，除了母亲，而母亲当年几乎遗弃了他，因此母子关系也不是非常融洽。
有人甚至这样认为，作为有史以来最伟大、最有影响力的科学家，牛顿一生的主要工作在他学生时代躲避鼠疫的那两年时间里就已经完成了。
吴天放和周一菲在**聊天中说，通过牛顿的故事，他明白了很多道理。其中之一就是，他这一辈子也不准备结婚了。周一菲说，举双手赞成。吴天放说，如果那个幸运的苹果能幸运地砸到他的头上，他就绝对不会结婚。但上帝却说，这样幸运的苹果已经没了，没有办法，他也只能和某个姓周的女人结婚了。
周一菲在电脑的键盘上狠狠地敲出了这样一行字：伊甸园里还有一颗禁果，你去吃了吧。听说，这颗禁果也是一个幸运的苹果。
吴天放在电脑中回应道：这些话，都是那条美女蛇说的。上帝说蛇“必受咒诅”，从此要用肚子行走及终生吃土。
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